| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,515,655 | 0 | C | A | 11.9% | 662.6 / 52.9 | 194 | intergenic (‑35/+268) | yjhI/sgcR | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (95/76); new base A (17/6); total (112/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
TTTTGGGGTACTGGAATTTATTTAATAACTCCATATAACTTGCCATACCAACCCATGCAATGTGGGTTAATATTTTTTCAGCACGGACTAATGAATTACACCCTTTGCGAACCATAATGGCTCCTCCTTGCTCATGGAATAAATGGTATCGGCATTACATAGTGGAAAATATGCTTTGTTCAGCATGCTGAACCGTAATGATGTGATTAAATGTGATCTTGTACACACTTTGAATAATGAATCCAGAACAGCCACATTTAGTGAATGAGAATAAAAAGTAGATGGCGTGTTGTTGCAA > CP009273/4515506‑4515803 | ttttGGGGTACTGGAATTTATTTAATAACTCCATATAACTTGCCATACCAACCCATGCAATGTGGGTTAATATTTTTTCAGCACGGACTAATGAATTACACCCTTTGCGAACCATAATGGCTCCTCCTTGCTCATGGAATAAATGGTATc < 2:1322298/150‑1 (MQ=255)ttttGGGGTACTGGAATTTATTTAATAACTCCATATAACTTGCCATACCAACCCATGCAATGTGGGTTAATATTTTTTCAGCACGGACTAATGAATTACACCCTTTGCGAACCATAATGGCTCCTCCTTGCTCATGGAATAAATGGTATc < 1:2304167/150‑1 (MQ=255) tGGGGTACTGGAATTTATTTAATAACTCCATATAACTTGCCATACCAACCCATGCAATGTGGGTTAATATTTTTTCAGCACGGACTAATGAATTACACCCTTTGCGAACCATAATGGCTCCTCCTTGCTCATGGAATAAATGGTATCGGc > 1:4124585/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |