Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,520,215 | T→A | 14.8% | N46Y (AAC→TAC) | sgcB ← | putative enzyme IIB component of PTS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,520,215 | 0 | T | A | 14.8% | 874.5 / 119.7 | 294 | N46Y (AAC→TAC) | sgcB | putative enzyme IIB component of PTS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (111/139); new base A (28/16); total (139/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-02 | |||||||||||
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Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
CTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAGCGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTGGTTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTCCATACCGTTACAGTTAAGAGGGATCTCATTCAGACAGCATTGGGCGGTAGTGGCTGAAATGCCCTGTTCAGTCAGGAACTCTTGCAGCTTGTGTGCAATCATGGTTGAAGTCGACATGCCGGTACCGCATGCCACAAGGATCTTTTTCATAATGGATGTGCCTC > CP009273/4520066‑4520364 | ctcctTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAGCGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTGGTTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTCCATACCGTTACAGtt > 1:635044/1‑150 (MQ=255) ctcctTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAGCGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTGGTTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTCCATACCGTTACAGtt < 1:51053/150‑1 (MQ=255) cctTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAGCGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTGGTTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTCCATACCGTTACAGTTaa < 1:1079247/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |