Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,529,483 | A→T | 13.4% | intergenic (‑165/‑1291) | nanC ← / → fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,529,483 | 0 | A | T | 13.4% | 575.9 / 68.1 | 187 | intergenic (‑165/‑1291) | nanC/fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (83/79); new base T (10/15); total (93/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
AGGATACAGAAAGCAATACAAAGCCCGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGTTGATCTCATTT > CP009273/4529336‑4529631 | aGGATACAGAAAGCAATACAAAGCCCGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTcaca > 2:2605382/1‑150 (MQ=255) ggATACAGAAAGCAATACAAAGCCCGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACat > 2:2504428/1‑150 (MQ=255) ggATACAGAAAGCAATACAAAGCCCGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACat > 2:3358162/1‑150 (MQ=255) 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aaaaTCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTg < 2:98663/150‑1 (MQ=255) aaaTCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCTTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATATAATgtgtgt > 2:3206014/1‑150 (MQ=255) aaaTCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGt > 2:2118552/1‑150 (MQ=255) aaaTCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGt < 2:1066679/150‑1 (MQ=255) aaaTCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGt > 1:3138042/1‑150 (MQ=255) 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tCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGTGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGTTGATCTCAtt < 1:1713523/150‑1 (MQ=255) cacaTTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGTTGATCTCAttt < 2:4006130/150‑1 (MQ=255) | AGGATACAGAAAGCAATACAAAGCCCGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGTTGATCTCATTT > CP009273/4529336‑4529631 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |