| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,530,002 | C→A | 14.2% | intergenic (‑684/‑772) | nanC ← / → fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,530,002 | 0 | C | A | 14.2% | 860.9 / 90.7 | 265 | intergenic (‑684/‑772) | nanC/fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (102/125); new base A (26/12); total (128/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.44e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
GAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGA > CP009273/4529853‑4530149 | aGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAg < 2:3639184/150‑1 (MQ=255) gCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAgg < 1:3332388/150‑1 (MQ=255) cAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCt < 1:2829940/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |