| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,561,347 | A→T | 17.7% | I15I (ATT→ATA) | yjiR ← | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,561,347 | 0 | A | T | 17.7% | 735.0 / 146.0 | 271 | I15I (ATT→ATA) | yjiR | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (90/133); new base T (22/26); total (112/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
AAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCTTGCTCAATCCGTTCGGCAAGCAGAGTCGCCAGATGTTGATAACGCGTCATGCTGTATTCCTTATGTGGACCATACAGAGAGAAAAACCGGTACAGATGAGGCTAAAAAACCGGATGCAGATGCTGTTTTAACCTGTCTGTATGTTAAATAAAAGT > CP009273/4561198‑4561496 | aaaTAACCCGACCGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCTTGCTCa < 1:1122004/150‑1 (MQ=255)aaaTAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCTTGCTCa > 2:1124608/1‑150 (MQ=255) aTAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCTTGCTCTAt > 1:2328370/1‑150 (MQ=255) tAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCTTGCTCAATc < 2:396415/150‑1 (MQ=255) aaCCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCTTGCTCAATcc < 2:261695/150‑1 (MQ=255) cGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCTTGCTCAATCCGTTc < 2:4501113/150‑1 (MQ=255) gAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCTTGCTCAATCCGTTCg < 1:1812688/150‑1 (MQ=255) aaCGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCTTGCTCTATCCGTTCgg < 1:2737167/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |