Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 410,300 | C→A | 23.0% | A304S (GCG→TCG) | sbcC ← | exonuclease, dsDNA, ATP‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 410,300 | 0 | C | A | 23.0% | 644.2 / 156.1 | 256 | A304S (GCG→TCG) | sbcC | exonuclease, dsDNA, ATP‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (102/95); new base A (28/31); total (130/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
CTGTAACCAGGTATTCAGGCTTTGTTGCTGCTGCTGTAATTCTGCTGACTGCTTCGCCGCGTGGTGGCGAATGCTCGCGCGAAGCGCCATTGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTTCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGCGCTGTGTTCTGCGATGCGTTCCCAGTGTGGACGAAGATTTCGTGCCGGTTGTGCCAGACTAAGCGCCGCCAGTTGAGGTTGCGCTTTTTCTTCTTCGGCTAACGCCTGTTGCAAGGCCTGCTGACGGCGGCTGGCTTCTTGCTGCAATT > CP009273/410151‑410449 | tAACCAGGTATTCAGGCTTTGTTGCTGCTGCTGTAATTCTGCTGACTGCTTCGCCGCGTGGTGGCGAATGCTCGCGCGAAGCGCCATTGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTTCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGCGCt < 2:1067712/150‑1 (MQ=255) aaCCAGGTATTCAGGCTTTGTTGCTGCTGCTGTAATTCTGCTGACTGCTTCGCCGCGTGGTGGCGAATGCTCGCGCGAAGCGCCATTGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTTCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGCGCtg > 1:1000697/1‑150 (MQ=255) aaCCAGGTATTCAGGCTTTGTTGCTGCTGCTGTAATTCTGCTGACTGCTTCGCCGCGTGGTGGCGAATGCTCGCGCGAAGCGCCATTGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTTCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGCGCtg > 1:639424/1‑150 (MQ=255) aCCAGGTATTCAGGCTTTGTTGCTGCTGCTGTAATTCTGCTGACTGCTTCGCCGCGTGGTGGCGAATGCTCGCGCGAAGCGCCATTGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTTCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGAGCtgt > 2:2096994/1‑150 (MQ=255) aCCAGGTATTCAGGCTTTGTTGCTGCTGCTGTAATTCTGCTGACTGCTTCGCCGCGTGGTGGCGAATGCTCGCGCGAAGCGCCATTGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTTCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGAGCtgt < 1:3394021/150‑1 (MQ=255) ccAGGTATTCAGGCTTTGTTGCTGCTGCTGTAATTCTGCTGACTGCTTCGCCGCGTGGTGGCGAATGCTCGCGCGAAGCGCCATTGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTTCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGCGCtgtg > 2:2314323/1‑150 (MQ=255) ccAGGTATTCAGGCTTTGTTGCTGCTGCTGTAATTCAGCTGACTGCTTCGCCGCGAGGTGGCGAATGCTCGCGCGAAGCGCCATAGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTTCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGCGCtgtg > 2:3055394/1‑150 (MQ=255) cAGGTATTCAGGCTTTGTTGCTGCTGCTGTAATTCTGCTGACTGCTTCTCCGCGTGGTGGCGAATGCTCGCGCGAAGCGCCATTGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTTCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGCGCTgtgt > 1:2150266/1‑150 (MQ=255) 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tCTGCTGACTGCTTCGCCGCGTGGTGGCGAATGCTCGCGCGAAGCGCCATTGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTTCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGCGCTGTGTTCTGCGATGCGTTCCCAGTGTGGACGAAGAttt < 2:3369285/150‑1 (MQ=255) ctgctgACTGCTTCGCCGCGTGGTGGCGAATGCTCGCGCGAAGCGCCATTGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTTCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGCGCTGTGTTCTGCGATGCGTTCCCAGTGTGGACGAAGATTTc > 1:2562869/1‑150 (MQ=255) ctgctgACTGCTTCGCCGCGTGGTGGCGAATGCTCGCGCGAAGCGCCATTGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTCCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGAGCTGTGTTCTGCGATGCGTTCCCAGTGTGGACGAAGATTTc < 1:3504718/150‑1 (MQ=255) gctgACTGCTTCGCCGCGTGGTGGCGAATGCTCGCGCGAAGCGCCATTGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTTCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGCGCTGTGTTCTGCGATGCGTTCCCAGTGTGGACGAAGATTTCGt < 2:2096480/150‑1 (MQ=255) ctgACTGCTTCGCCGCGTGGTGGCGAATGCTCGCGCGAAGCGCCATTGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTTCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGCGCTGTGTTCTGCGATGCGTTCCCAGTGTGGACGAAGATTTCGTg < 1:3397993/150‑1 (MQ=255) 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cgAAGCGCCATTGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTTCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGCGCTGTGTTCTGCGATGCGTTCCCAGTGTGGACGAAGATTTCGTGCCGGTTGTGCCAGACTAAGCGCCGCCAGTTGAGGt > 2:4202970/1‑150 (MQ=255) cgAAGCGCCATTGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTTCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGCGCGGTGTTCTGCGATGCGTTCCCAGTGTGGACGACGATTTCGTGCCGGTTGTGCCAGACTCAGCGCCGCCAGTTGAGGt > 2:1064370/1‑150 (MQ=255) gcgcCATTGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTTCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGCGCTGTGTTCTGCGATGCGTTCCCAGTGTGGACGAAGATTTCGTGCCGGTTGTGCCAGACTAAGCGCCGCCAGTTGAGGTTgcg > 2:2045068/1‑150 (MQ=255) gcCATTGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTTCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGAGCTGTGTTCTGCGATGCGTTCCCAGTGTGGACGAAGATTTCGTGCCGGTTGTGCCAGACTAAGCGCCGCCAGTTGAGGTTGCGCt > 1:4284484/1‑150 (MQ=255) ccATTGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTTCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGCGCTGTGTTCTGCGATGCGTTCCCAGTGTGGACGAAGATTTCGTGCCGGTTGTGCCAGACTAAGCGCCGCCAGTTGAGGTTGCGCtt > 2:3295795/1‑150 (MQ=255) 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gccgcGCTGTGTTCTGCGATGCGTTCCCAGTGTGGACGAAGATTTCGTGCCGGTTGTGCCAGACTAAGCGCCGCCAGTTGAGGTTGCGCTTTTTCTTCTTCGGCTAACGCCTGTTGCAAGGCCTGCTGACGGCGGCTGGCTTCTtgctgc > 1:426685/1‑150 (MQ=255) cgcgCTGTGTTCTGCGATGCGTTCCCAGTGTGGACGAAGATTTCGTGCCGGTTGTGCCAGACTAAGCGCCGCCAGTTGAGGTTGCGCTTTTTCTTCTTCGGCTAACGCCTGTTGCAAGGCCTGCTGACGGCGGCTGGCTTCTTGCTGCaa > 1:473296/1‑150 (MQ=255) | CTGTAACCAGGTATTCAGGCTTTGTTGCTGCTGCTGTAATTCTGCTGACTGCTTCGCCGCGTGGTGGCGAATGCTCGCGCGAAGCGCCATTGTGCTCTGTAAGCGAGTATTTACTTCTTCAATCTGCTGGCGAATATGCGCCAGCGCCGCGCTGTGTTCTGCGATGCGTTCCCAGTGTGGACGAAGATTTCGTGCCGGTTGTGCCAGACTAAGCGCCGCCAGTTGAGGTTGCGCTTTTTCTTCTTCGGCTAACGCCTGTTGCAAGGCCTGCTGACGGCGGCTGGCTTCTTGCTGCAATT > CP009273/410151‑410449 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |