| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 415,698 | G→T | 12.6% | V218F (GTT→TTT) | brnQ → | branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein; LIV‑II transport system for Ile, Leu, and Val |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 415,698 | 0 | G | T | 12.6% | 969.8 / 83.0 | 288 | V218F (GTT→TTT) | brnQ | branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein; LIV‑II transport system for Ile, Leu, and Val |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (136/115); new base T (18/19); total (154/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
TCTGGCCGGCGGGTTCTATCAGCACGGCGACTGAGGCTTATCAAAACGCTGCGTTTTCTAACGGCTTCGTTAACGGCTATCTGACCATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTG > CP009273/415549‑415847 | tCTGGCCGGCGGGTTCTATCAGCACGGCGACTGAGGCTTATCAAAACGCTGCGTTTTCTAACGGCTTCGTTAACGGCTATCTGACCATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCg < 2:2982038/150‑1 (MQ=255) ccGGCGGGTTCTATCAGCACGGCGACTGAGGCTTATCAAAACGCTGCGTTTTCTAACGGCTTCGTTAACGGCTATCTGACCATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCTTTAcc > 1:2029201/1‑150 (MQ=255) cggcggGTTCTATCAGCACGGCGACTGAGGCTTATCAAAACGCTGCGTTTTCTAACGGCTTCGTTAACGGCTATCTGACCATGGATACGCTGGGCGCACTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTCCCg > 1:851770/1‑150 (MQ=255) 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cAGCACGGCGACTGAGGCTTATCAAAACGCTGCGTTTTCTAACGGCTTCGTTAACGGCTATCTGACCATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTctgct > 2:4496384/1‑150 (MQ=255) aGCACGGCGACTGAGGCTTATCAAAACGCTGCGTTTTCTAACGGCTTCGTTAACGGCTATCTGACCATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTctgctg < 1:403211/150‑1 (MQ=255) cACGGCGACTGAGGCTTATCAAAACGCTGCGTTTTCTAACGGCTTCGTTAACGGCTATCTGACCATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGAc < 1:2006448/150‑1 (MQ=255) cACGGCGACTGAGGCTTATCAAAACGCTGCGTTTTCTAACGGCTTCGTTAACGGCTATCTGACCATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGAc > 2:3516869/1‑150 (MQ=255) ggCGACTGAGGCTTATCAAAACGCTGCGTTTTCTAACGGCTTCGTTAACGGCTATCTGACCATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCg > 2:3995221/1‑150 (MQ=255) 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aTTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGAt > 2:3746849/1‑150 (MQ=255) ttGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATc > 2:335179/1‑150 (MQ=255) ttGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATc < 2:683198/150‑1 (MQ=255) tGTTCACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCa < 2:1504497/150‑1 (MQ=255) tGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCa < 1:429621/150‑1 (MQ=255) ttAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGt < 2:3678037/150‑1 (MQ=255) aaCGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCt < 1:3594095/150‑1 (MQ=255) cggcgCGTTCTCGTGGCTTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCaa < 2:3707454/150‑1 (MQ=255) gcgcGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAAc < 1:2640210/150‑1 (MQ=255) gcgcGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAAc < 2:4290462/150‑1 (MQ=255) gTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGgcg < 2:1067209/150‑1 (MQ=255) gTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGgcg > 2:4093212/1‑150 (MQ=255) gTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGgcg > 2:2266542/1‑150 (MQ=255) ctcGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCgctg < 1:1225668/150‑1 (MQ=255) gTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTa > 2:2053550/1‑150 (MQ=255) gTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTa < 2:866802/150‑1 (MQ=255) ggCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTAtt > 2:820706/1‑150 (MQ=255) | TCTGGCCGGCGGGTTCTATCAGCACGGCGACTGAGGCTTATCAAAACGCTGCGTTTTCTAACGGCTTCGTTAACGGCTATCTGACCATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTG > CP009273/415549‑415847 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |