| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 417,789 | G→T | 11.6% | D450Y (GAT→TAT) | proY → | proline‑specific permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 417,789 | 0 | G | T | 11.6% | 847.9 / 65.6 | 246 | D450Y (GAT→TAT) | proY | proline‑specific permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (116/101); new base T (11/18); total (127/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
GTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATCGGGTTGATTGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATCCTGCATTAGGCTATG > CP009273/417640‑417937 | gTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATCGGGTTGATTGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACg > 1:3825842/1‑150 (MQ=255) ggTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATCGGGTTGATTGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCg > 1:1055574/1‑150 (MQ=255) aGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATCGGGTTGATTGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCa < 1:2757466/150‑1 (MQ=255) 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tgtgCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAata < 1:890306/150‑1 (MQ=255) tgtgCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAata < 2:3323526/150‑1 (MQ=255) gtgCTGTTGATTTGCTGGATGTTTAAACGCCGCAACGATAGTCAGATGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTAAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCAGAAAGTTATCAGCCCCCGTCCTCCTCCCCCACataa > 1:2066409/1‑149 (MQ=255) gtgCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAatat < 2:437899/150‑1 (MQ=255) gTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTc < 1:108772/150‑1 (MQ=255) ttGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACTATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCa > 1:1642857/1‑150 (MQ=255) tGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAg < 2:2246556/150‑1 (MQ=255) aTTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAgat < 2:3531859/150‑1 (MQ=255) aTTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAgat < 2:3936191/150‑1 (MQ=255) ttGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAgatg < 1:377531/150‑1 (MQ=255) ttGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAgatg < 2:1287460/150‑1 (MQ=255) tGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAgatga < 1:3197937/150‑1 (MQ=255) cTGGATGTTTAAACGCCGCCACTATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGAtgatga > 2:1420812/1‑150 (MQ=255) cTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGAtgatga < 1:1974049/150‑1 (MQ=255) cTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGAtgatga > 2:55685/1‑150 (MQ=255) cTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCGTCAGAtgatga > 2:2322624/1‑150 (MQ=255) tGGATGTTTAAACGCCGCCACTATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAg < 1:3351096/150‑1 (MQ=255) aTGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGa > 1:1264776/1‑150 (MQ=255) tGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGAt < 2:3002760/150‑1 (MQ=255) gTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATc < 1:606533/150‑1 (MQ=255) tttAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATcc < 2:3893281/150‑1 (MQ=255) aaCGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATCCTGCa > 2:1943879/1‑150 (MQ=255) cgccgcCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATCCTGCAtt > 1:6016/1‑150 (MQ=255) ccgccACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATCCTGCATTAg < 1:3038062/150‑1 (MQ=255) cACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATCCTGCATTAGGCTa > 1:4407852/1‑150 (MQ=255) cACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATCCTGCATTAGGCTa > 1:1415298/1‑150 (MQ=255) cGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATCCTGCATTAGGCTATg > 1:97626/1‑150 (MQ=255) | GTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATCGGGTTGATTGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATCCTGCATTAGGCTATG > CP009273/417640‑417937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |