Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,080,325 | G→T | 10.5% | intergenic (+116/‑37) | fdhD → / → yiiG | formate dehydrogenase formation protein/DUF3829 family lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,080,325 | 0 | G | T | 10.5% | 725.9 / 7.7 | 225 | intergenic (+116/‑37) | fdhD/yiiG | formate dehydrogenase formation protein/DUF3829 family lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/138); new base T (31/2); total (85/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.62e-13 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
TTTATACCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGTTCACTCTCTTATCTATATATTTATAAGGCAATTAAATGAAAAGGAATTTATTATCTTCCGCTATTATAGTCGCCATCATGTCCCTCGGTCTGACGGGTTGTGATGATAAAAAAGCCGAAACAGAAACGCTCCCGCCTGCCAATAGT > CP009273/4080178‑4080472 | tttATACCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGt < 2:4882030/149‑1 (MQ=255) ttATACCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGtt < 2:2336819/149‑1 (MQ=255) tataCCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGTTc < 2:3125093/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |