| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,575,840 | A→C | 5.6% | pseudogene (793/3567 nt) | hsdR ← | pseudogene, premature stop codon, host restriction; endonuclease R |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,575,840 | 0 | A | C | 5.6% | 767.2 / 3.0 | 262 | pseudogene (793/3567 nt) | hsdR | pseudogene, premature stop codon, host restriction; endonuclease R |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (146/94); new base C (2/20); total (148/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.61e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
AAGCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTT‑CCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGAGCC > CP009273/4575692‑4575988 | aaGCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTT‑CCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGaa > 2:2151825/1‑149 (MQ=255) gCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTT‑CCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGGTGCGCATCAATCAGGAAGc > 1:115556/1‑149 (MQ=255) cccTGATTACCCGTTTCATCTTTT‑CCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCg < 1:1502933/149‑1 (MQ=255) cccTGATTACCCGTTTCATCTTTT‑CCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCg < 1:4519927/149‑1 (MQ=255) cccTGATTACCCGTTTCATCTTTT‑CCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCg < 1:1907985/149‑1 (MQ=255) cccTGATTACCCGTTTCATCTTTT‑CCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCGTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCGTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCg > 2:261640/1‑149 (MQ=255) ccTGATTACCCGTTTCATCTTTT‑CCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCAGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGa > 1:4036618/1‑149 (MQ=255) cTGATTACCCGTTTCATCTTTT‑CCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGAc > 2:3048322/1‑149 (MQ=255) aTTACCCGTTTCATCTTTT‑CCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGActct > 1:5119838/1‑149 (MQ=255) tttcccGTTTGATTTTTTGCGGGTCGGCCTTGGGGAATTGTGTTTTTTGCGGCTGGTTTCGGGACGGGCGCTTTTGGAGATGCGCTGGTTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTTCTTTAGGATTTTGCGATTAAATCAGGAAGCGActct < 2:3522970/146‑1 (MQ=255) aCCCGTTTCATCTTTT‑CCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCtctt > 2:4085656/1‑149 (MQ=255) ccGTTTCATCTTTT‑CCGGTGGGCCTTTGGGAATTGGCTTTTTTGACGCGGGGTTCGGGAGGTGCGCCTTTGGTGAAGCGCTGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCTGCCTGTTTTACGCTGTTGCGCTTCAATCTGGAAGCGACTCtcttct < 2:221860/149‑1 (MQ=255) cGTTTCATCTTTT‑CCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCCGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTcttctt > 2:2939699/1‑149 (MQ=255) 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cATCTTTT‑CCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTa > 1:2123497/1‑149 (MQ=255) aTCTTTT‑CCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTaa > 2:226823/1‑149 (MQ=255) tCTTTT‑CCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAg > 2:4320791/1‑149 (MQ=255) tCTTTT‑CCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGGTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAg > 2:1705316/1‑149 (MQ=255) tttt‑CCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGt > 2:4676135/1‑149 (MQ=255) ggTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAgtg > 2:1421561/1‑149 (MQ=255) ccATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCt > 2:3346427/1‑149 (MQ=255) ttCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTCAGGTTGAGTGTGCGCTTGa > 2:5006581/1‑149 (MQ=255) ttCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGa > 1:2615650/1‑149 (MQ=255) cGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATg > 2:4776999/1‑149 (MQ=255) gaaaTGGATTTTTTGACGCGGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGTAGATGCGCTGGTTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGTTTTACGCAGTTGCGAATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGc < 1:3838301/147‑1 (MQ=255) aaTGGCTTTATTGCCGCCGGGTTCGGGCCGTGCGCTTTTGTATAAGCGCTGGTTTTTGCTGTCGGCCTGCCACCCTGCTTTACGCAGTTGCGAAACAATCTGCAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCt < 1:1616422/149‑1 (MQ=255) aTGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTg > 1:2549600/1‑149 (MQ=255) ggCTTTATTGCCGCCGGGTTCCGGACGGGCGCCTTTGGAGAAGCGCTGGTTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCTGTTGCGCATCAATCCGGACGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGAt < 2:1394681/149‑1 (MQ=255) ggCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGAt > 2:2813455/1‑149 (MQ=255) 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gCCTGTTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCgg < 1:2904746/149‑1 (MQ=255) ccTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGc > 2:3659458/1‑149 (MQ=255) cTGCTTTAGGCTGTGGCGCATCAATCCGCACGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCg < 1:4891293/149‑1 (MQ=255) cTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCg > 2:473677/1‑149 (MQ=255) tttCCGCAGTTGCGAATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCt < 1:864266/149‑1 (MQ=255) aCGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCtgtg > 1:3574658/1‑149 (MQ=255) gcgcATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGt > 1:930160/1‑149 (MQ=255) gcACCAATCAGTAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGc < 1:5006581/149‑1 (MQ=255) cATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGcc > 1:4692443/1‑149 (MQ=255) cATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGcc > 2:2681838/1‑149 (MQ=255) aaatcaGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCa < 1:2135737/148‑1 (MQ=255) aatcaGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCaa > 1:257244/1‑149 (MQ=255) aatcaGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCaa > 2:2590517/1‑149 (MQ=255) aatcaGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCaa > 1:854049/1‑149 (MQ=255) tcaGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTGTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAgg > 2:1844520/1‑149 (MQ=255) caGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGc < 2:639892/149‑1 (MQ=255) aGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCg < 2:2864948/149‑1 (MQ=255) ggAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGa > 1:1907165/1‑149 (MQ=255) gAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGAg < 2:3390796/149‑1 (MQ=255) gAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGAg > 1:715436/1‑149 (MQ=255) aaGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGAGc > 2:4953320/1‑149 (MQ=255) aGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGAGcc < 2:4026983/149‑1 (MQ=255) | AAGCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTT‑CCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGAGCC > CP009273/4575692‑4575988 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |