Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 235,036 | G→T | 17.6% | S63Y (TCC→TAC) | ykfM ← | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 235,036 | 0 | G | T | 17.6% | 519.6 / 19.4 | 241 | S63Y (TCC→TAC) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (130/52); new base T (2/54); total (132/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.58e-21 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
AGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAA > CP009273/234888‑235183 | aGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAgg > 2:628928/1‑149 (MQ=255) aGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAgg < 1:3183070/149‑1 (MQ=255) tATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑aaa > 2:2101592/1‑149 (MQ=255) ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAAAGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGG‑AAAAc > 1:2971837/1‑149 (MQ=255) ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTATATGAATATTTAAAAAGG‑AAAAc < 2:3020079/149‑1 (MQ=255) aatggTGATATTAAGATAGATTTTATTAAAAATATAATTGTTAGGTGTTTTGTTTTGTCTGTGGCTAAATTGACTACTTTCGTTTTTTTTTTTATTAATTATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑a < 1:1746049/146‑1 (MQ=255) aaGGTGCTATTACGATAGCTATTATTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑Ac < 2:856417/149‑1 (MQ=255) tggTGCTATTCCGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTTGCTGTTTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACa < 2:4892775/148‑1 (MQ=255) aGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTTAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑TAAACG‑ACa > 2:4194695/1‑149 (MQ=255) gCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGTTTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGaa > 2:313233/1‑149 (MQ=255) cTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACAAGaaa > 1:2424075/1‑149 (MQ=255) aTTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAATAATGATTTTATTATAGTTATTTAAATTAAAAGAATATTTAAAAATG‑AAAAAG‑ACATGaaaac > 1:1386374/1‑147 (MQ=255) ttACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGTTTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCTAATTTTACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGTTTTTATTATCTTAATTAAAATTACATGAATTTTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCg < 2:1152772/149‑1 (MQ=255) ttACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACAAGAATATTTAAAAATG‑AAAACG‑AAATGAAACCg > 1:5039526/1‑149 (MQ=255) tACGATTGATATTATTAAAAATATAATATTTAGCTGTATTTTTTTGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGa < 2:5074894/149‑1 (MQ=255) tACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTTAGTAAAAATACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAAACGa > 1:4601850/1‑149 (MQ=255) ttAGATATTTTTAAAAATATAATATTTTGTTTTATTTTTTTTTCTGTGGCGAATTTGACTACTTTCGTTTTTTTTATTAAGATTTATTTTTTTATCTTAATTAAATTTACTTTATTATTTAAAAAGT‑AACACG‑ACATGAAACCGAAGca < 2:600627/148‑1 (MQ=255) aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTTAGAATTATTTTATTTTAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTTAAAATG‑AAAAAG‑ACAATAAACCGAATca > 1:525316/1‑149 (MQ=255) aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGGTTTAGTAATATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATTGATATTTAAAAAGT‑AAAAAG‑ACAAGAAACACAAGca > 1:524697/1‑149 (MQ=255) catattatAAAAAATATAAGTTTTAGCTTTATTGTTATGTCTGTGGATAAATTCACTACCTTATTTTTTTTTATTAACAATGATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAg < 2:556582/147‑1 (MQ=255) ttttattaAAAATATATGTTTTTGCTTTTTTTTTTTGTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTGTTTAAGATTTATTTTATTATCTTATTTAAAATTAATTTAATATTTAAAATGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGaa < 1:349943/147‑1 (MQ=255) ttAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACAGAAGCACAGAATc > 2:2574431/1‑149 (MQ=255) ttAAAAATATATGTGTTTGCTGTATTTTTATGTCTGTGGCGAAATTTACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAAc < 2:1545525/148‑1 (MQ=255) tAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACa < 2:1078284/149‑1 (MQ=255) aaaaaTCTACGAGTTAGCTGTCTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTGGATTAAGATTGATTTTATTATGGTAAGTAAATTTACTTGAATATTTAAAACGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAt < 2:4729927/149‑1 (MQ=255) aaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTTTTTTAGAATTATTTTTTTTTAGTAAGTAAAAATAAAAGAATATTTAAAAAGG‑AAAAAGAACAT‑AAACCGAAGCACAGAAAAAACaat > 1:2202530/1‑147 (MQ=255) aaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATtct > 2:2573321/1‑149 (MQ=255) tataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTcc > 2:1244014/1‑149 (MQ=255) tataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATAAACATTCTcc > 2:3860328/1‑149 (MQ=255) tataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATTAATAATTAAAAAGGAAAAACA‑ACA‑GAAAAACAATCACAGAATAAACATTCTcc > 2:1339178/1‑149 (MQ=255) aaGTGTTTGCTTTATTTTTTTGTCTTTGGCTAAATTGACTACATTGGTTTTTTTTATTAATATTGATTTTATTATCTTAAGAAAAATTACATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAt < 1:771711/149‑1 (MQ=255) aaGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGAATTTATTATCGTAATTAAAATTAAATGAAAATTTAAAAAGT‑AAAACG‑AAATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTAACCAAt > 2:720854/1‑149 (MQ=255) gagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAAAG‑AAAAGAAACCGAAGCACACAATCAACATTCTCCAATCa > 2:3648294/1‑149 (MQ=255) agTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTTAGTATGATTTTATTATAGTAATTTAAATTAAATGAATTTTTTAAATTG‑TAAAAG‑ACATGAAACAGAAGCACAGGATCAAAATTGTGCAATCAt > 2:4770593/1‑149 (MQ=255) ttAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATG‑AAAAAG‑ACATGAAACAGAAGCACAGAATCAAAATTATACAAtaataa > 2:4842004/1‑149 (MQ=255) tAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACATTCGTTTTTTTGATTATGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATaaa < 2:292596/149‑1 (MQ=255) gCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAAAG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATAAAAATTATCCAATCAAAAAat > 1:2590051/1‑149 (MQ=255) tGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAACATAAAatat > 2:2474427/1‑149 (MQ=255) tttttGTTTTGTGTGTGGCTAATTTTACTACATTCGTTTTTTTTATTAATTTTGATTTTATTATCTTATTTAAAATTAAATTAATATTTAAAATGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAtt < 2:3167942/146‑1 (MQ=255) ttATTGTTTTGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAtt < 2:4641740/148‑1 (MQ=255) gTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAACATAAAAAATTTACGt > 2:3507067/1‑149 (MQ=255) gTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATAAACATTATCCAATCATAAAATATTTACGt > 2:4023733/1‑149 (MQ=255) ttgtgtgtgGCTAATTTGACTCCATTCTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCGTAATTAAATTTAATTTAATATTTAAAATGG‑AACACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGa < 1:3189477/148‑1 (MQ=255) aTGTGTGTGGCGAAATTTACTACATTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGa < 2:1661275/149‑1 (MQ=255) gTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAATTAAAAATAAAAGAATATTTAAAAAGG‑AAAAAG‑ACAAGAAACCCAAGCACACAAAAAACAATATACAAACATAAAATATTTCAGTGGAGc > 1:3299183/1‑149 (MQ=255) gctaaaTTCACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttat < 1:4211307/146‑1 (MQ=255) ctaaaTTGACTACATTCTTTTTTTTTATTAATATTTATTTTATTATCTTATTTAAAATTACATTAATATTTAAAATGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttatt < 1:714221/147‑1 (MQ=255) aaaTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATTTTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTtattat < 2:1859205/149‑1 (MQ=255) aaTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTAATATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTACAATCATAAAATATTTACGTGGAGCATTTTattatt > 2:2857254/1‑149 (MQ=255) gACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAAAGAAAAATTAAAAAAG‑AAAAAC‑ACAAGAAACCCAAGCACACAATAAACAATATACACTAATAAAAAATTTACCGGGAGCATTTTATTATTGAat > 2:3091849/1‑149 (MQ=255) aCCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAAAATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATAAACAATATCCAATAATAAAATAATTACCTGGAGCATTTTATTATTTAAtatat > 2:1933100/1‑148 (MQ=255) cttatttttttttATTAATATTTATTTTATTATATTAATAAAATTTAAATCAATATTTAAAATGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATagag < 1:2397154/144‑1 (MQ=255) cTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTAAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATagag < 1:4298762/149‑1 (MQ=255) ttCTTTTTTTTGATTAATATTGTTTTTATTATCTTAATAAAAATTACATTAATTTTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAgg < 1:2877831/149‑1 (MQ=255) ttCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATATAgg > 1:1518398/1‑149 (MQ=255) tctttttttttATTAATAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGt < 2:940098/146‑1 (MQ=255) cGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGtt < 2:1981625/149‑1 (MQ=255) ttttTATTAATAATTATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAATGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACt < 2:4095195/149‑1 (MQ=255) ttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACt > 1:4644926/1‑149 (MQ=255) taTTAATAATTATTTTATTATCTTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCgg < 2:5187123/148‑1 (MQ=255) aTTAAGATTTATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGt < 2:4495384/149‑1 (MQ=255) ttAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTa > 2:766797/1‑149 (MQ=255) tAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaa > 2:3448830/1‑149 (MQ=255) aaGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaa > 2:3696879/1‑149 (MQ=255) aGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaa > 2:44176/1‑149 (MQ=255) gAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaa > 2:1815098/1‑149 (MQ=255) aaTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaaa > 1:902311/1‑149 (MQ=255) attaTTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAAc < 2:3101930/146‑1 (MQ=255) tGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACa > 2:1452088/1‑149 (MQ=255) aTTTTATTATCGTAAGTAAATTTACTTTAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACaaa < 2:808170/149‑1 (MQ=255) ttttATTATCTTAATTAAAATTACTTGGATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAtag < 2:196044/149‑1 (MQ=255) tttATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaaga > 2:3113203/1‑149 (MQ=255) ttattaTCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaa > 2:729029/1‑149 (MQ=255) atCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAtt > 1:4720196/1‑149 (MQ=255) tcttaattaaAATTAAATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTg < 2:4344125/146‑1 (MQ=255) ttacgaaaaaTTACATGAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGaa < 2:3317161/143‑1 (MQ=255) ttaattaaAATTACATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGaa < 2:3069982/148‑1 (MQ=255) gtaattaaAATTACATTAATTTTTAAAAATG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGaa < 2:691052/149‑1 (MQ=255) attaaAATTAAATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGc < 1:2012741/147‑1 (MQ=255) agtaaAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGc > 1:3352204/1‑149 (MQ=255) aaattaaattAATTTTTAAAATGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAggg < 1:4018516/149‑1 (MQ=255) aaaTTACATTAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAggg < 2:3239980/149‑1 (MQ=255) aaaTTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAggg > 1:2754767/1‑149 (MQ=255) aaaTTAATTTAATTTTTAAAATGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAggg < 1:1071267/149‑1 (MQ=255) aTTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAATACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGaa > 1:3854836/1‑149 (MQ=255) aTTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGaa > 1:1184322/1‑149 (MQ=255) aatttaaTATTAAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGaaaaa < 1:1096/144‑1 (MQ=255) cATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAaat > 1:3205745/1‑149 (MQ=255) aaTATTTAAAAAGC‑AACACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAataata < 1:4385048/149‑1 (MQ=255) atatTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAatat > 1:3077966/1‑149 (MQ=255) atatTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAatat > 2:3398430/1‑149 (MQ=255) atatTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATATTTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAatat > 2:1049779/1‑149 (MQ=255) atTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGACACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATgg < 2:4127787/149‑1 (MQ=255) tttAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGc > 2:1266657/1‑149 (MQ=255) ttAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGcc < 2:2139886/149‑1 (MQ=255) tAAAAAGT‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCa < 2:44351/149‑1 (MQ=255) aaaaaGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCAt < 1:126179/149‑1 (MQ=255) aaaaGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATa > 2:4969995/1‑149 (MQ=255) aaaaGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATa > 1:821195/1‑149 (MQ=255) gg‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATaaaaa > 2:2299544/1‑149 (MQ=255) | AGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAA > CP009273/234888‑235183 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |