Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 847,954 | A→C | 5.2% | L34V (TTA→GTA) | ybiP ← | putative EptAB family phosphoethanolamine transferase, inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 847,954 | 0 | A | C | 5.2% | 1032.0 / 2.4 | 330 | L34V (TTA→GTA) | ybiP | putative EptAB family phosphoethanolamine transferase, inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (188/110); new base C (2/27); total (191/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 336 total aligned reads displayed.
CCGTAGGCCTGAGCAAAAGGGAAATAACAAGCCGCCACCAGCGAACTGACACCGACCAGAACTTTTTGTACGCGAGGCAATGTTCGCC‑ATAGCAAAAGCAAAA‑TAGCCGTAAA‑CGCAGCGGTGTAGAGCAAACTGAAGGGGTAACCTAAGCCGAGGTTAATTAATAGCGACTGTAAAAAGTAGAACGCAGTCCACGGGCTAAATACCCGGCTACGGGTAACAAGCGATTCTTTGAGGGTTAAATTCATATGCCACTATCGTAACAAACGCCATGTGCTTACCCTGGCGTCAAGGGT > CP009273/847806‑848101 | gTAGGCCTGAGCAAAAGGGAAATAACAAGCCGCCACCAGCGAACTGACACCGACCAGAACTTTTTGTACGCGAGGCAATGTTCGCC‑ATAGCAAAAGCAAAA‑TAGCCGTAAA‑CGCAGCGGTGTAGAGCAAACTGAAGGGGTAACCTAAGc < 2:2298203/149‑1 (MQ=255) gTAGGCCTGAGCAAAAGGGAAATAACAAGCCGCCACCAGCGAACTGACACCGACCAGAACTTTTTGTACGCGAGGCAATGTTCGCC‑ATAGCAAAAGCAAAA‑TAGCCGTAAA‑CGCAGCGGTGTAGAGCAAACTGAAGGGGTAACCTAAGc > 2:662079/1‑149 (MQ=255) aGGCCTGAGCAAAAGGGAAATAACAAGCCGCCACCAGCGAACTGACACCGACCAGAACTTTTTGTACGCGAGGCAATGTTCGCC‑ATAGCAAAAGCAAAA‑TAGCCGTAAA‑CGCAGCGGTGTAGAGCAAACTGAAGGGGTAACCTAAGCCg > 2:2035770/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |