| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,516,408 | T→G | 6.2% | E305D (GAA→GAC) | yncD ← | putative iron outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,516,408 | 0 | T | G | 6.2% | 732.2 / 2.2 | 236 | E305D (GAA→GAC) | yncD | putative iron outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (95/119); new base G (20/2); total (115/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
CGGTAGTGAACGTGACCGGAACGCCCAGTTCACCACGGTGTGTCCAGCGGCTGTCTATTCCCTGGTAATGGCGTTGCAGGGTAATCACGCCGCCCGCATGTGACGGGTTAAGTTGTGGTGCCATGGGTATTGACTGGTACTGGGTCGTTTCTCGCTCTCCGGCATACATCATCACACTCATATCATCCCGCGAACTCAGGCTACGCTCATAGCGCAACCCAGCCTGAGTTTGCTTGATGGTTTTTCGCGTGTCGTACTGTTCTGCACGAGGCGCTTGTTGTGGATTAGCCTTCCATT > CP009273/1516260‑1516556 | cGGTAGTGAACGTGACCGGAACGCCCAGTTCACCACGGTGTGTCCAGCGGCTGTCTATTCCCTGGTAATGGCGTTGCAGGGTAATCACGCCGCCCGCATGTGACGGGTTAAGTTGTGGTGCCATGGGTATTGACTGGTACTGGGTCGtt < 2:762680/149‑1 (MQ=255)cGGTAGTGAACGTGACCGGAACGCCCAGTTCACCACGGTGTGTCCAGCGGCTGTCTATTCCCTGGTAATGGCGTTGCAGGGTAATCACGCCGCCCGCATGTGACGGGTTAAGGTGTGGTGCCATGGGTATTGACTGGTACTGGGTCGtt > 2:3217074/1‑149 (MQ=255) ggTAGTGAACGTGACCGGAACGCCCAGTTCACCACGGTGTGTCCAGCGGCTGTCTATTCCCTGGTAATGGCGTTGCAGGGTAATCACGCCGCCCGCATGTGACGGGTTAAGTTGTGGTGCCATGGGTATTGACTGGTACTGGGTCGttt < 2:3309058/149‑1 (MQ=255) 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ttGACTGGTACTGGGTCGTTTCTCGCTATCCGGCATAAAAAATCACACACAAATCATCCCGCGAACTCAGGCTACGCACATATCGCAACCCAGCCGGAGTTTGGGTGATGGTTTTTCGCGTGTCGTACTGTTCTGCACGAGGCGCttgt > 1:2138508/1‑149 (MQ=255) gACTGGTACTGGGTCGTTTCTCGCTCTCCGGCATACATCATCACACTCATATCATCCCGCGAACTCAGGCTACGCTCATAGCGCAACCCAGCCTGAGTTTGCTTGATGGTTTTTCGCGTGTCGTACTGTTCTGCACGAGGCGCttgttg < 2:217874/149‑1 (MQ=255) gTACTGGGTCGTTTCTCGCTCTCCGGCATACATCATCACACTCATATCATCCCGCGAACTCAGGCTACGCTCATAGCGCAACCCAGCCTGAGTTTGCTTGATGGTTTTTCGCGTGTCGTACTGTTCTGCACGAGGCGCTTGTTGTGGAt < 1:3774274/149‑1 (MQ=255) tACTGGGTCGTTTCTCGCTCTCCGGCAAAAAAAATAACACTAAAATCAAACCGCGAACTAATGCTACGCTCATAGCGCAACCCAGCCTGAGGTTTCTTGATGGTTTTTAGCGTGTCGTACTGTTATGCACGAGGCGCTTGTTGTGGAtt > 2:683916/1‑149 (MQ=255) aCTGGGTCGTTTCTCGCTCTCCGGCATACATCATCACACTCATATCATCCCGCGAACTCAGGCTACGCTCATAGCGCAACCCAGCCTGAGTTTGCTTGATGGTTTTTCGCGTGTCGTACTGTTCTGCACGAGGCGCTTGTTGTGGATTa < 1:2799973/149‑1 (MQ=255) 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tCGTTTCTCGCTCTCCGGCATACATCATAACACTCATATCATCCCGCGAACTCAGGCTACGCTCATAGCGCAACCCAGCCTGAGGTTGCTTGATGGTTTTTCGCGTGTCGTACTGTTCTGCACGAGGCGCTTGTTGTGGATTAGCCTTc > 1:3529435/1‑149 (MQ=255) tttCTCGCTCTCCGGCATACATCATCACACTCATATCATCCCGCGAACTCAGGCTACGCTCATAGCGCAACCCAGCCTGAGTTTGCTTGATGGTTTTTCGCGTGTCGTACTGTTCTGCACGAGGCGCTTGTTGTGGATTAGCCTTCCAt > 1:2553578/1‑149 (MQ=255) | CGGTAGTGAACGTGACCGGAACGCCCAGTTCACCACGGTGTGTCCAGCGGCTGTCTATTCCCTGGTAATGGCGTTGCAGGGTAATCACGCCGCCCGCATGTGACGGGTTAAGTTGTGGTGCCATGGGTATTGACTGGTACTGGGTCGTTTCTCGCTCTCCGGCATACATCATCACACTCATATCATCCCGCGAACTCAGGCTACGCTCATAGCGCAACCCAGCCTGAGTTTGCTTGATGGTTTTTCGCGTGTCGTACTGTTCTGCACGAGGCGCTTGTTGTGGATTAGCCTTCCATT > CP009273/1516260‑1516556 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |