| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,463,910 | G→T | 15.0% | R434I (AGA→ATA) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,463,910 | 0 | G | T | 15.0% | 485.0 / 5.6 | 180 | R434I (AGA→ATA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/94); new base T (11/12); total (73/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
TATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTG > CP009273/2463763‑2464058 | taTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGa < 2:3924992/149‑1 (MQ=255) aTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGaa < 1:3814937/149‑1 (MQ=255) aTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGaa < 1:3814934/149‑1 (MQ=255) tctcTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGaaa < 2:4311400/149‑1 (MQ=255) tctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTTTTTTTTAAAAAATTaaaaaaaaaa > 2:876950/1‑147 (MQ=255) ggAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAAATTATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAACaa > 1:4754393/1‑149 (MQ=255) atatCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTTTTAAATAAATAAAAGAAATAAAGAAAAAAg > 2:4106977/1‑149 (MQ=255) atatCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATAAATACAAAAg > 2:3409923/1‑149 (MQ=255) atCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCg < 2:5063090/149‑1 (MQ=255) tttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGATTTaaaa > 2:53811/1‑148 (MQ=255) tATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAAAAAACAAGACAAAATCCATGTAAATCa > 2:179315/1‑149 (MQ=255) tgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTTTAAAATAATTAAAAGAAAAAAAGACAAAATAGATGTAAATCACaaa > 2:4666566/1‑149 (MQ=255) tgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTaa < 2:1595599/149‑1 (MQ=255) tttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAAAAAACACAAAATCGATGTAAACCACGAAttttt > 2:3827591/1‑148 (MQ=255) ttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTaa < 1:2110408/149‑1 (MQ=255) tttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTaaa < 1:161838/149‑1 (MQ=255) tttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTaaa < 1:4187123/149‑1 (MQ=255) ttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAAt < 2:143694/149‑1 (MQ=255) ttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAAt < 2:2734549/149‑1 (MQ=255) ggggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTgc < 2:4763086/149‑1 (MQ=255) ggggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCATTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTgc < 2:2152725/149‑1 (MQ=255) gggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTTTAAAATAATTAAAATAAAAAAAAACAAAAACCAAGTAAATCAAAAAATTTTAAtttag > 1:4522501/1‑146 (MQ=255) ggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTgcgc < 2:2254969/149‑1 (MQ=255) gAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTTTTTATAAAATAAATAAAATAAAAAAAAACAAAAGCGAGGGAAAGAACTAAGGTTAAATTtcgcg > 1:2415079/1‑149 (MQ=255) aGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATCAAAGAAAACAAAAAAAAAGCGATTTTAATCACTAAGTTTAAATTTCGCGc‑c > 2:3000420/1‑149 (MQ=255) atatAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAAt < 1:904460/149‑1 (MQ=255) taGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTTCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCAt < 1:1255977/149‑1 (MQ=255) taGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCAt < 1:1255162/149‑1 (MQ=255) gagaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGTCAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATgg < 2:3485629/149‑1 (MQ=255) tttAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAATAAATACAATATCGATGTAAATCACTAAATTTTAATTTCGCGC‑CCAAAAAGgcgcg > 2:2912932/1‑149 (MQ=255) gcaagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTATAAAATAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGATTTAAATCAAAAAATTTAAATTTAGGGC‑CAAACAGAGCGCGCCCaa > 1:3796025/1‑149 (MQ=255) caagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAAAATATAAAAAAAATAAAATAAAAAAATACAAAACAGAAGTTAACCACAAAAGTTAAAATTAGCGC‑CAAACAAAGCGCGcaccaa > 2:2310605/1‑146 (MQ=255) tttatttGTAATTTATTTTTCGTTCGAACTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTataa < 2:3544118/149‑1 (MQ=255) tttttGGATTGTATTTTTCGTTCGAACTTTGCTTACACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGACAATCGCGTTTTAAAGCACTATTTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTataata < 1:1601742/147‑1 (MQ=255) tatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTataata < 2:5021495/149‑1 (MQ=255) tatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTataata < 2:5021838/149‑1 (MQ=255) tatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATCAAATAAAAAAAAAAAATAAATTAGTAAATCACGAAATTTAAATTTATCGCGCAGACA‑GGCGCGCACAAGATaaaata > 1:848257/1‑149 (MQ=255) tatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTGTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTataata < 2:1095175/149‑1 (MQ=255) atttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATAc < 2:1047069/149‑1 (MQ=255) gAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAAcc < 2:1046386/149‑1 (MQ=255) tttttttttCGTTCGACCTTTGGTTATACATAACAGTGGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATAAAGAAAATAGCGTTTTAAAGCACTATTTTTAAATGGCGCGC‑CAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTaa < 1:3169563/145‑1 (MQ=255) tGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTaa < 1:4586822/149‑1 (MQ=255) tGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTAAAAAAAAATTCAAAAAAAAAAAGACAAAAACGATTGAAAACACAAATTTTAAATTTGGCGC‑CAAAAATGTCGCGCACCAGCTATAAAACAAACCaaa > 2:2843076/1‑149 (MQ=255) aTTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAttt < 2:2848352/149‑1 (MQ=255) ttctttctACATTTGCTTATACATAACTGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGACAATAGCGATGTAAAGAACTAATTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 1:3761453/149‑1 (MQ=255) ttcgttctACCTTTGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 2:4435027/149‑1 (MQ=255) ttcgttcgACCTTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTATTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAATTTGCGCGC‑AAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 1:1829972/149‑1 (MQ=255) tcgttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcct < 2:1150930/149‑1 (MQ=255) gttcgACCTTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcc < 2:5194687/149‑1 (MQ=255) gttcgACCTTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGACAATAGCGATTTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcc < 1:2731756/149‑1 (MQ=255) ttcgACCTTTGCTTATACATAACCGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAGTTctcctcct < 1:1575535/149‑1 (MQ=255) tcgACCTTTGCTTATACATAACATTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 1:1591553/149‑1 (MQ=255) cgACCTTTGCTTATACATAACATTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCctct < 2:2817198/149‑1 (MQ=255) cgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTCAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCctct < 2:1851927/149‑1 (MQ=255) tttGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTagag < 2:5164344/149‑1 (MQ=255) tttGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTagag < 2:1706390/149‑1 (MQ=255) ttGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAATTTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGt < 1:2990685/149‑1 (MQ=255) ttGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGt < 1:403940/149‑1 (MQ=255) tGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTg < 1:1178418/149‑1 (MQ=255) tataCATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACta < 2:2028893/149‑1 (MQ=255) cATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtc < 2:1632580/149‑1 (MQ=255) gTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGAt < 1:3409923/149‑1 (MQ=255) tCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATa < 1:4433057/149‑1 (MQ=255) tCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATa < 2:4857222/149‑1 (MQ=255) cGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAg < 2:339519/149‑1 (MQ=255) gTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 1:282592/1‑149 (MQ=255) tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa > 2:2305317/1‑149 (MQ=255) tttttttAATAAAAAAAATAATTAAAAAAAAACAACACAATCGCGATGTAAACCACTAAGTTTAAATTGCGCCC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa < 1:2606749/149‑1 (MQ=255) ttttttAATTTAAAAAATAATTCAAATAAAACAAGACAATACCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAt < 2:3981970/149‑1 (MQ=255) tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAtt > 1:273195/1‑149 (MQ=255) ttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg > 1:69775/1‑149 (MQ=255) tttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGTTGTAACGCACTAAGTTTAAATGGCGCGC‑CAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGc < 1:575540/149‑1 (MQ=255) aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt > 2:1734108/1‑149 (MQ=255) aTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 1:430492/1‑149 (MQ=255) ttATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt < 1:4843206/149‑1 (MQ=255) ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt > 2:3591672/1‑149 (MQ=255) ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt < 2:4522501/149‑1 (MQ=255) aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CACTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt > 1:1086708/1‑149 (MQ=255) aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAAGTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt < 2:2647931/149‑1 (MQ=255) ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAATTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc < 2:487635/149‑1 (MQ=255) taatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATATCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCa > 2:4515016/1‑149 (MQ=255) aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 1:3538526/1‑149 (MQ=255) aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 1:3537888/1‑149 (MQ=255) aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 2:3502544/1‑149 (MQ=255) aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 2:1139252/1‑149 (MQ=255) atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa < 1:344807/149‑1 (MQ=255) ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt > 2:4001128/1‑149 (MQ=255) ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt > 2:3261676/1‑149 (MQ=255) taaaaaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt < 1:3136432/146‑1 (MQ=255) tCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg < 2:1220357/149‑1 (MQ=255) cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc > 1:369617/1‑149 (MQ=255) cAAAGAAATCAACACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc < 1:907439/149‑1 (MQ=255) aaaataaatCAATACAATAGCGATTTAAAGAAATAATTTAAACGTGCGCGC‑CAATCTGGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc < 1:908115/148‑1 (MQ=255) aaaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc > 1:1107311/1‑149 (MQ=255) aaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc < 2:4742178/149‑1 (MQ=255) aaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc > 2:4245188/1‑149 (MQ=255) aaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc > 2:1700558/1‑149 (MQ=255) aGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCt > 1:966642/1‑149 (MQ=255) aGAAATCAAGAAAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCt < 2:1833716/149‑1 (MQ=255) gAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTg > 2:4088469/1‑149 (MQ=255) | TATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTG > CP009273/2463763‑2464058 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |