| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,546,282 | A→T | 9.7% | intergenic (‑450/‑162) | malP ← / → malT | maltodextrin phosphorylase/mal regulon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,546,282 | 0 | A | T | 9.7% | 745.7 / 9.7 | 248 | intergenic (‑450/‑162) | malP/malT | maltodextrin phosphorylase/mal regulon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (81/138); new base T (22/2); total (108/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.74e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
GTGCTCCATCTCATTCTTAATAGATTTATTAAGATCATCTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGCATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGT > CP009273/3546135‑3546430 | gtgCTCCATCTCATTCTTAATAGATTTATTAAGATCATCTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTATGTGAg > 2:897269/1‑149 (MQ=255) tCCATCTCCTTCTTAATAGATTTATTAAGATCATCTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAgttgt < 1:2121607/149‑1 (MQ=255) tCCATCTCATTCTTAATAGATTTATTAAGATCATCTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTGTTAGGTGAgtttt > 1:4264065/1‑147 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |