| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | CP009273 | 3796549 = | 195 (0.780) | coding (949/1080 nt) | waaB | UDP‑D‑galactose:(glucosyl)lipopolysaccharide‑1, 6‑D‑galactosyltransferase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
GGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGACAAGGCTTCAAGTAGGGTCATTGGGAA > CP009273/3796400‑3796696 | taaaaactggggataacgccttaaatggcgaagaaacggtctaaataggctgattcaaggcatttacgggagaaaaaatcggctcaaacatgaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttcct < 2:725639‑M2/1‑1 (MQ=255)taaaaactggggataacgccttaaatggcgaagaaacggtctaaataggctgattcaaggcatttacgggagaaaaaatcggctcaaacatgaagaaatgaaatgactgagtcagccgagaagaatttccccgcttattcgcaccttcct < 2:4060161‑M2/1‑1 (MQ=255)ggAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATAtatttatt < 2:2403906/150‑1 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ctgctgCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGtt < 2:2137260/150‑1 (MQ=255) ctgctgCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGtt > 1:3089187/1‑150 (MQ=255) gctgcATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTAc < 1:1275424/150‑1 (MQ=255) cATTATGTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACaaaa < 2:3159823/150‑1 (MQ=255) attattTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACaaaag > 2:4108884/1‑149 (MQ=255) 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ccTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGACAAGGCTTCAAGt > 2:2660519/1‑150 (MQ=255) tGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGACAAGGCTTCAAGTAg > 2:3314299/1‑150 (MQ=255) tGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGACAAGGCTTCAAGTAg > 1:616817/1‑150 (MQ=255) cTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGACAAGGCTTCAAGTAggg > 1:610584/1‑150 (MQ=255) cTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGACAAGGCTTCAAGTAggg > 1:206451/1‑150 (MQ=255) tatataTTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGACAAGGCTTCAAGTAGGGt < 1:1858826/150‑1 (MQ=255) tatataTTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGACAAGGCTTCAAGTAGGGt > 2:3347575/1‑150 (MQ=255) tatataTTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGACAAGGCTTCAAGTAGGGt < 2:2939358/150‑1 (MQ=255) atatatTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGACAAGGCTTCAAGTAGGGTc < 2:2004500/150‑1 (MQ=255) tatatTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGACAAGGCTTCAAGTAGGGTCa > 1:2352375/1‑150 (MQ=255) tatttattTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGACAAGGCTTCAAGTAGGGTCAtt < 2:476867/150‑1 (MQ=255) tatttaGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGACAAGGCTTCAAGTAGGGTCATTGGGa > 2:3281793/1‑150 (MQ=255) | GGAAAAACACCTGCTGCATTATTTCCTCCGGGAAATAGCAGAAATAATTACCTTATGTAATCTATCGTAATACTTCGATTGGTAAAATTCATCGATCGACGCAGGAATTTTTTCATGTTCGATATGAATTTCACCTGCTATATATTTATTTAGAAGAGTTACAAAACCAGCAATATCTCCCGGTTGATACAGATGGCCATTGACATCAGGTTGAATAATGTCAGCAGGCCCGGAGACACAATCGGCACTGATACAAGGAATCCCCCACGACAAGGCTTCAAGTAGGGTCATTGGGAA > CP009273/3796400‑3796696 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |