Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 80,123 | C→T | 90.8% | G25S (GGC→AGC) | leuL ← | leu operon leader peptide |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 80,123 | 0 | C | T | 90.8% | 697.7 / 49.0 | 218 | G25S (GGC→AGC) | leuL | leu operon leader peptide |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/10); new base T (86/112); total (96/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.40e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
TCGCGCAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGATACAAAAACGGATGTCAACCCTGACGCAA > CP009273/79976‑80269 | cgcAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCa > 1:3763904/1‑150 (MQ=255) cgcAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCa < 2:1999603/150‑1 (MQ=255) aTGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGTCTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCg > 2:1735473/1‑150 (MQ=255) aTGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCg > 2:1735639/1‑150 (MQ=255) tgGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCt < 2:565678/150‑1 (MQ=255) tgGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCt < 2:784497/150‑1 (MQ=255) tgGTATCGAAAATAATGACTGGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGACTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGATTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCt < 2:2224271/150‑1 (MQ=255) ggTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTa < 2:529339/150‑1 (MQ=255) 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ataatGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAaag > 1:162694/1‑150 (MQ=255) atGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAaagaag > 2:3588020/1‑150 (MQ=255) tGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAagaaga > 1:4291709/1‑150 (MQ=255) aCTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATg > 1:277688/1‑150 (MQ=255) cTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGc > 1:627564/1‑150 (MQ=255) 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tGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTta > 1:100454/1‑150 (MQ=255) tCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTtagtag < 2:3194277/150‑1 (MQ=255) tCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTtagtag < 2:3194868/150‑1 (MQ=255) tGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTtagtagtag < 1:3429003/150‑1 (MQ=255) gTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTtagtagtagta < 2:4132796/150‑1 (MQ=255) 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tCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCGACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGAt < 1:1745148/150‑1 (MQ=255) ccTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATa < 2:2197747/150‑1 (MQ=255) ccTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATa > 2:1685454/1‑150 (MQ=255) tGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAg < 2:422430/150‑1 (MQ=255) tctTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGaa > 1:1434999/1‑150 (MQ=255) 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tGCTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGATACAAAAACGGATGTCAACCCt < 2:2260856/150‑1 (MQ=255) cTGGATGCTGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGATACAAAAACGGATGTCAACCCTGa < 2:1309494/150‑1 (MQ=255) | TCGCGCAATGTGGTATCGAAAATAATGACTTGCTGGCTCATGGTTTGGGTCCTTGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGATACAAAAACGGATGTCAACCCTGACGCAA > CP009273/79976‑80269 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |