| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 780,465 | G→T | 9.4% | I103I (ATC→ATA) | ybgS ← | putative periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 780,465 | 0 | G | T | 9.4% | 781.3 / 15.4 | 231 | I103I (ATC→ATA) | ybgS | putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (72/130); new base T (27/2); total (99/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.99e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
TGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGACTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATG‑CCATCACCGGTTTGTACCTTTTTATTGATATCCGGACAGCGACCATCTTTGCACATGGTGTTCTTGTGCTCTTCATCTTTGGTCATTCCGTCATTGTTCATTGAAGAACCATCCGAATGCAGCATTGTGCCGCCAGAACCGGTATTTACCCCGTTATTGTCGACGTTATTTGGCGC > CP009273/780316‑780614 | tGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGACTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATG‑CCATCACCGGTTTGTACCTTTTTATTg < 2:1948056/150‑1 (MQ=255)tGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGACTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATG‑CCATCACCGGTTTGTACCTTTTTATTg < 1:152913/150‑1 (MQ=255) gACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGACTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATG‑CCATCACCGGTTTGTACCTTTTTATTGa < 1:170109/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |