| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 93,391 | G→T | 44.1% | T301T (ACG→ACT) | mraY → | phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 93,391 | 0 | G | T | 44.1% | 215.4 / inf | 282 | T301T (ACG→ACT) | mraY | phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (74/83); new base T (64/60); total (139/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
GGCTTCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGATTATTTCGCTGATGCTGGTTC > CP009273/93242‑93539 | ggCGTCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTAGGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACg < 2:206790/150‑1 (MQ=255) gCTTCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGc < 2:3443788/150‑1 (MQ=255) tCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCttt > 1:4041364/1‑150 (MQ=255) 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ttAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATcc < 1:92131/150‑1 (MQ=255) ttAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATcc < 1:2394836/150‑1 (MQ=255) tAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCt < 2:1902957/150‑1 (MQ=255) tAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCt > 2:4205649/1‑150 (MQ=255) aaCACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTg > 1:791197/1‑150 (MQ=255) aaCACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTg < 2:1999527/150‑1 (MQ=255) acacCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGc < 1:1920722/150‑1 (MQ=255) cacCTCTCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCa < 2:2980010/150‑1 (MQ=255) tATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTc > 2:4106818/1‑150 (MQ=255) tATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTc > 2:3095714/1‑150 (MQ=255) 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cGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGATTATTTCGCTGATGCTGGTTc > 1:1431565/1‑150 (MQ=255) cGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGATTATTTCGCTGATGCTGGTTc > 2:1856505/1‑150 (MQ=255) | GGCTTCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGATTATTTCGCTGATGCTGGTTC > CP009273/93242‑93539 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |