| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 868,897 | G→T | 17.1% | D155Y (GAC→TAC) | yliE → | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 868,897 | 0 | G | T | 17.1% | 519.8 / 66.5 | 174 | D155Y (GAC→TAC) | yliE | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (70/74); new base T (13/17); total (83/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
ATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAAT‑GGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATGTCGATTTAAACTGGCGATATCTGA > CP009273/868748‑869044 | ataaataTTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAAT‑GGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATg > 1:4346518/1‑150 (MQ=255) taaataTTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAAT‑GGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGa > 2:354951/1‑150 (MQ=255) taaataTTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAAT‑GGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGa > 2:354871/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |