Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 889,044 | G→T | 15.4% | intergenic (+155/‑196) | ybjN → / → potF | negative regulator of motility; multicopy suppressor of coaA(Ts)/putrescine transporter subunit: periplasmic‑binding component of ABC superfamily |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 889,044 | 0 | G | T | 15.4% | 567.2 / 61.2 | 188 | intergenic (+155/‑196) | ybjN/potF | negative regulator of motility; multicopy suppressor of coaA(Ts)/putrescine transporter subunit: periplasmic‑binding component of ABC superfamily |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (66/93); new base T (19/10); total (85/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
CCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTCTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGT > CP009273/888895‑889193 | ttCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTCTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGttt < 2:2319303/150‑1 (MQ=255) tCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTCTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGtttt < 2:3714900/150‑1 (MQ=255) tCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTCTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGtttt < 2:3736876/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |