Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 976,873 | C→A | 16.2% | A124E (GCG→GAG) | ldtD → | murein L,D‑transpeptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 976,873 | 0 | C | A | 16.2% | 836.5 / 109.7 | 278 | A124E (GCG→GAG) | ldtD | murein L,D‑transpeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (126/107); new base A (25/20); total (151/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
CCGCACGCAAATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTCCGGTCAAAGGCACTCGCT > CP009273/976724‑977022 | ccGCACGCAAATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGc < 1:2399670/150‑1 (MQ=255) acgcaAATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGAtt < 1:466993/150‑1 (MQ=255) acgcaAATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGAtt < 2:307545/150‑1 (MQ=255) 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cAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATAtt > 2:3710372/1‑150 (MQ=255) cAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATAtt > 2:383316/1‑150 (MQ=255) cAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATAtt > 2:2198424/1‑150 (MQ=255) cAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTCCg > 2:1244338/1‑150 (MQ=255) tGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTCCGGTCa > 2:3436902/1‑150 (MQ=255) tGGCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTCCGGTCa > 2:3197174/1‑150 (MQ=255) ggCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTCCGGTCaa > 2:3743646/1‑150 (MQ=255) gCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTCCGGTCaaa > 1:3370746/1‑150 (MQ=255) gTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTCCGGTCAAAGGCACt < 1:1134781/150‑1 (MQ=255) gTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTCCGGTCAAAGGCACt < 2:116805/150‑1 (MQ=255) tGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTCCGGTCAAAGGCACTc > 1:1710478/1‑150 (MQ=255) cGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTCCGGTCAAAGGCACTCGCt < 1:1328977/150‑1 (MQ=255) | CCGCACGCAAATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTCCGGTCAAAGGCACTCGCT > CP009273/976724‑977022 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |