| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,193,516 | T→G | 52.4% | N60H (AAT→CAT) | ymfE ← | e14 prophage; putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 1,193,516 | 0 | T | G | 52.4% | 43.0 / 126.7 | 90 | N60H (AAT→CAT) | ymfE | e14 prophage; putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/22); new base G (19/28); total (40/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATAAAGCTCTCATGATCTTTAATAGGTGGGACATACTTGGTTGGTAATGTTATTAAAGGGATGTATTCGTAAATAACTAGAAGTATGCAATATATTAGCGTATTTAAGAAAGTTGCTTTATGAAGTTTAGGCAACATTTCATTAT > CP009273/1193372‑1193662 | aCGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATgaataa < 2:967572/150‑1 (MQ=255) cGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATTAATaaa < 1:1967886/150‑1 (MQ=255) cGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAAATATGCAAAAATCGCAAAAGCACAAGGTAATATACCAAAAGATAGTGCCCAATGAATaaa < 1:2039881/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |