Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 1,282,578 | T→G | 13.1% | noncoding (115/171 nt) R19R (AGG→CGG) |
rttR ← tpr ← |
rtT sRNA, processed from tyrT transcript protamine‑like protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,282,578 | 0 | T | G | 13.1% | 268.1 / 2.9 | 127 | noncoding (115/171 nt) R19R (AGG→CGG) | rttR tpr | rtT sRNA, processed from tyrT transcript protamine‑like protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/69); new base G (17/2); total (55/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.91e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
GCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCT‑CATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTT > CP009273/1282429‑1282726 | gCCGAACCTTAGTCGTAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCt < 2:333430/150‑1 (MQ=255) ccGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTg > 2:1219567/1‑150 (MQ=255) cGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGc > 2:3400462/1‑150 (MQ=255) cGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCAGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTgg > 2:3855903/1‑149 (MQ=255) aCCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTGGGCTGCGGc > 1:3062991/1‑150 (MQ=255) cGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGctct < 1:3802551/150‑1 (MQ=255) gAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCCTCTGCGCTGCGCGCGTCGCCCTGCGGGTCGTTGGCGGGGGCAACGcacta > 2:3051638/1‑149 (MQ=14) gAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTAAGCGCGGAGAGCTTCGCCCTACGGGTCGTGGGCTGTGGCCAAGctaga > 2:4035505/1‑147 (MQ=14) gCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGAGCTGCGCGCTTCGCCCATCGGGTCGTTGCGGGCGGCCACGccagctcg > 1:3057222/1‑143 (MQ=14) tctcATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTg < 1:3146017/150‑1 (MQ=37) ctcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCAACGCACTCTCGCTgg > 1:2829678/1‑150 (MQ=255) ctcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGGGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTgg > 2:940065/1‑150 (MQ=255) tcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCAAAGCGCAATCGCAGgc > 1:3231084/1‑150 (MQ=14) tcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGACGTCAGGGCCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGTAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGgc < 2:1684988/150‑1 (MQ=255) cTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGATTTCAGGGCCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCg < 2:1056126/150‑1 (MQ=255) ttCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGAGCTTCGCCCTTCGGGTCGTGTCAGGACCCAACGCCCGCTCGCTGgcggacga > 2:1671995/1‑145 (MQ=14) tCCCCGGATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGTCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAg < 2:2621326/150‑1 (MQ=255) ccccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGTATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGACCTTCGGGTCGTTTCCGGCTGCAACACTCTATAGCAGGCCCACGaat > 2:477924/1‑148 (MQ=14) 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ttGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTGGCCGGCGGCAAACCACACACGCCGGCGCGCGAGTCGAACCAAGGTCGaaacat > 1:2455707/1‑146 (MQ=14) tGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCCGCGGCAACGCACACACGCAGGCCCCCCAGTCGCACCCAGGTCGaaaacac > 1:3545060/1‑145 (MQ=14) gATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCTCATCGCCCTTCGGGACGTTTCCAGCGGCAACCCTCTCTCGCTGGCGCACGAGTCGAACCGCGGACGAATCTtca > 2:930578/1‑149 (MQ=14) aTTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTTCCGGCCGCAACCCACACTCGCGGGCGCACCAGTCGAACCATGGTAGAACCTtcaa > 1:3945557/1‑148 (MQ=14) ttGCGGATTCGATTGAGATTTCAGGGTCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCT‑Ca < 1:62002/150‑1 (MQ=255) 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cTCAGCGCTGCTCGCTTCTCCATTCGGGTCGTTGCCTGCGTCTAGGCTCTCTCGCTGTCGCTCGTGTAGATCCTTTTTCGAAGCTTCT‑CATCCTTCCCGGCTTGGGCAGAATTTTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACtttt < 1:2112510/150‑1 (MQ=14) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGGGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTTGTCGAAGCTTCT‑CAACCTTACCCGCATTGGGCGAAAATTTAAATTCGGATTCGTGGTGACGGTAAGGGTCTTTTGaaat > 2:2501902/1‑149 (MQ=14) cTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCT‑CATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTg < 1:1604861/150‑1 (MQ=255) cTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCGCTCTCGCGGGCGCGCGAGGCGAACCTTTGTCGAAGCGTCT‑CAACCTTCCCCGCCGGGGCAGAATATTTTATTTGGGCTTGGGTGGGTAGTTAAGGGGCTTTTGTTAGTg > 2:4310267/1‑150 (MQ=2) cgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCT‑CATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtggt < 1:614478/150‑1 (MQ=255) cGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCT‑CATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtggtggtgg < 2:3368338/150‑1 (MQ=255) gCCCTTCGGGTCGTTGCCAGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCATGGTCGAATCTTCT‑CAACCATCCCCGCCAGGGCAGAATATTTAATTGCGGAGTCGGTGGGTAGTTCAGGGGCCTTTGTAAGTGATGGTGGTggg > 2:2888056/1‑150 (MQ=14) cccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCTCTCGAGTCGTACCTTGGTCGAAGCTTCT‑CATCCTTCACCGCTTGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTgggg < 1:1826543/150‑1 (MQ=255) ccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCT‑CATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 2:3511758/150‑1 (MQ=255) ttCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACCCACTATCGCGGGCGCGCGAGTCGAACCGTGGTCGCAGCTTCT‑GAAACATACCCCCCTGGGCAGAAAATTTTATGGCGGGTTGGTTGGGGAGTTGCGGGACTGTTGGAAG‑GGGGGTgggggggggaa > 2:4266941/1‑147 (MQ=2) tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCT‑CATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAg < 1:428946/150‑1 (MQ=255) tCGGGTCGGTGCCGGCGGCAACGCTCACTCGCTGTGGCTCGAGTCGATCACTGGTGGCAGCTTGT‑CAGACGTCCCCGCATGGGCAGAATATTTTATTGCGGATTCGTTGGTCAGTTCAGGGTCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAg < 1:3632519/150‑1 (MQ=14) tCGTTGCCTTCGGAAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCT‑CATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTc < 2:3210824/150‑1 (MQ=255) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCT‑CATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTc < 1:3051638/150‑1 (MQ=255) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCT‑CATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTc < 2:3210349/150‑1 (MQ=255) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTTGTCGAAGCTTCT‑CATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTc < 1:440527/150‑1 (MQ=255) cGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCT‑CATACTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCg > 2:1919187/1‑150 (MQ=255) cGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTAT‑CATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGGGGATTCGTTGGGTAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGGAGGAttag > 1:1071587/1‑148 (MQ=255) cGTGGCCGGCGGCACCGCTCTCTCGCGGGCGCACGAGTCGAACCCTGGTCGAAGCTTCC‑CATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATACTTTCTTGCGGATTCGTTGGGCAGTTCAGGGCCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCg < 2:1784728/150‑1 (MQ=14) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCT‑CATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATTTTTAATTGCGGATTCGTTGGGTAGTTGAGGGAGTTTTGAAAGTGTTGGTGGTGGGGGAAGGATTCgt > 2:2587196/1‑149 (MQ=17) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCT‑CATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATCTGTAATTGCGGATTCGTTGGGACGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAGGGGGGTGGGGGAAGGATTCGa > 2:1272580/1‑150 (MQ=17) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCT‑CATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCtt < 1:4220317/150‑1 (MQ=255) | GCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCT‑CATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTT > CP009273/1282429‑1282726 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |