| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,429,000 | C→A | 18.3% | intergenic (‑519/+215) | ynaE ← / ← ttcC | cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,429,000 | 0 | C | A | 18.3% | 531.3 / 84.4 | 189 | intergenic (‑519/+215) | ynaE/ttcC | cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (77/77); new base A (19/15); total (96/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
CACGGATTGGGTTTAAAAGTATACATAGATAACAGTTTTTATCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATG > CP009273/1428852‑1429149 | ttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCAcgtcg > 1:1941621‑M1/43‑150 (MQ=255) taagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCAcgtcgt < 1:503369‑M1/109‑1 (MQ=255) aagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTa < 1:2375706‑M1/110‑1 (MQ=255) agtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTAt > 2:3521719‑M1/40‑150 (MQ=255) tgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAATCCGCAGTCACGTAGTATGc < 2:3550622‑M1/113‑1 (MQ=255) tgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGc < 2:1664397‑M1/113‑1 (MQ=255) atattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGGGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTAGTATGCaa > 1:2605580‑M1/36‑150 (MQ=255) gggTTTAAAAGTATACATAGATAACAGTTTTTATCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAg > 2:963887/1‑150 (MQ=255) gggTTTAAAAGTATACATAGATAACAGTTTTTATCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAg > 2:1446333/1‑150 (MQ=255) ttggttgtctggagattcagggggccagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTAGTATGCAAGaa > 2:2395034‑M1/33‑150 (MQ=255) tgtctggagattcaggggggcagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGtgc > 1:3628747‑M1/28‑150 (MQ=255) tctggagattcagggggccagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGtgctg > 2:2512718‑M1/26‑150 (MQ=255) ctggagattcagggggccagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGtgctgc < 2:3370415‑M1/126‑1 (MQ=255) tggagattcagggggccagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCg < 2:1943445‑M1/127‑1 (MQ=255) tggagattcagggggccagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCg < 2:2035430‑M1/127‑1 (MQ=255) agattcagggggccagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCggtt < 1:4064671‑M1/130‑1 (MQ=255) aCATAGATAACAGTTTTTATCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCggtt < 1:1802657/150‑1 (MQ=255) ttcagggggccagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTAGTATGCAAGAACGTGCTGCggttggt > 2:1295871‑M1/18‑150 (MQ=255) cagggggccagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGttt > 2:1077890‑M1/16‑150 (MQ=255) aaCAGTTTTTATCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGAc > 2:26736/1‑150 (MQ=255) gggccagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACt < 2:3693873‑M1/139‑1 (MQ=255) ggccagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACtt > 1:1030494‑M1/11‑150 (MQ=255) ggccagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACtt < 1:2717888‑M1/140‑1 (MQ=255) ggccagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACtt > 1:1030471‑M1/11‑150 (MQ=255) cagtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTAGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTttga < 1:3100412‑M1/143‑1 (MQ=255) agtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTttgat < 2:1914218‑M1/144‑1 (MQ=255) agtctaCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTttgat < 1:1397463‑M1/144‑1 (MQ=255) gtcttCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTTGTTGGATTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTTATGTATCTGAATAGTTGACAAAGCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTTCTGAGTTTGGTTTGactttgttt > 1:3735904‑M1/6‑147 (MQ=255) cTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGAc > 2:3872840/1‑150 (MQ=255) aagaagaaAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGATTGACTTTGATTGAGACGtt < 2:1225578/150‑1 (MQ=255) agaaAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTgg > 2:3187776/1‑150 (MQ=255) agaaAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTgg > 1:862489/1‑150 (MQ=255) gaaAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTAGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGa > 2:1085680/1‑150 (MQ=255) aaaaTATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGact > 2:4279524/1‑148 (MQ=255) aaaaTATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTAGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAAt < 2:3042700/150‑1 (MQ=255) aaaTATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAAtt > 2:3945658/1‑150 (MQ=255) aaaTATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAAtt < 2:3946400/150‑1 (MQ=255) aaaTATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAAtt < 1:2209965/150‑1 (MQ=255) aaTATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAAttt > 2:1410396/1‑150 (MQ=255) atCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCGGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAAtttttt < 2:624757/150‑1 (MQ=255) tCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTAGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAAttttttt > 1:596937/1‑150 (MQ=255) cAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTAGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTc < 1:2517000/150‑1 (MQ=255) cAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTAGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTc < 1:2991578/150‑1 (MQ=255) aaGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCg > 1:1344248/1‑150 (MQ=255) aaGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCg < 2:4111699/150‑1 (MQ=255) aGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCgg > 1:3984303/1‑150 (MQ=255) aGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCgg > 1:220384/1‑150 (MQ=255) gTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTg < 1:1749775/150‑1 (MQ=255) tGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTgg > 1:967064/1‑150 (MQ=255) tataGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTAGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCaa < 1:3376150/150‑1 (MQ=255) ataGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCaaa > 1:2012436/1‑150 (MQ=255) atatGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATgggg < 2:597797/150‑1 (MQ=255) gCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTAAGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCaaa > 2:2589536/1‑150 (MQ=255) ccTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCaaaa > 2:2223506/1‑150 (MQ=255) ccTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTAGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCaaaa > 2:1277967/1‑150 (MQ=255) cTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAAc > 1:1578329/1‑150 (MQ=255) cTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAAc < 1:4146300/150‑1 (MQ=255) attGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACg < 2:679502/149‑1 (MQ=255) ttGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTAGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGc > 1:3551977/1‑150 (MQ=255) gATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTg < 1:3693788/150‑1 (MQ=255) gATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTg < 1:3693884/150‑1 (MQ=255) gATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTg > 2:3787580/1‑150 (MQ=255) tGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTAGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCa < 2:4199132/150‑1 (MQ=255) ggaATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCaaaaggg < 2:219733/150‑1 (MQ=255) ggaATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCaaaaggg < 2:220384/150‑1 (MQ=255) gaatgTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTAGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCaaaaggggcaaa > 2:2980547/1‑150 (MQ=255) aatgTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCaaaaggggcaaaa < 2:4026404/150‑1 (MQ=255) gtgATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTAGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCaaaaggggcaaaaaag < 1:389062/150‑1 (MQ=255) tGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCaaaaggggcaaaaaaggggc < 1:1664397/150‑1 (MQ=255) tATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGt < 1:1311766/150‑1 (MQ=255) tATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGt > 1:4096231/1‑150 (MQ=255) tATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGt < 1:2194828/150‑1 (MQ=255) tATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTGTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATTGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAAGGGCAAAAAAAGAGt > 1:3283516/1‑150 (MQ=255) tATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTAGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGt < 2:223613/150‑1 (MQ=255) tCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTgg > 2:2844704/1‑150 (MQ=255) cTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGa > 2:1802112/1‑150 (MQ=255) gAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGAtt > 1:2075231/1‑150 (MQ=255) aaTAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTa < 1:289123/150‑1 (MQ=255) tAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATc < 1:140251/150‑1 (MQ=255) tAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATc < 1:1127521/150‑1 (MQ=255) gTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGt > 2:1655912/1‑150 (MQ=255) gTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGt > 2:2818101/1‑150 (MQ=255) ttGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCgga > 1:3006145/1‑148 (MQ=255) ttGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTa > 1:1703587/1‑150 (MQ=255) ttGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTa > 2:4319563/1‑150 (MQ=255) tGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAg < 1:1231168/150‑1 (MQ=255) tGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAg < 1:708164/150‑1 (MQ=255) aaaaCCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCtt > 1:249845/1‑150 (MQ=255) aaaaCCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCtt < 2:1773303/150‑1 (MQ=255) aaaaCCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCtt > 1:1739480/1‑150 (MQ=255) aaaCCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTa < 1:969357/150‑1 (MQ=255) aGTCACGTAGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATtgttgt > 2:29291/1‑150 (MQ=255) gTCACGTAGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTc < 2:2973615/150‑1 (MQ=255) cACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGc > 2:3965934/1‑150 (MQ=255) cACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATAGTAGCTTATTGTTGTCGc > 2:2187825/1‑150 (MQ=255) aCGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCt < 1:2680444/150‑1 (MQ=255) aCGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCt < 1:3339022/150‑1 (MQ=255) cgtagtATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCtg > 1:2025339/1‑150 (MQ=255) gtcgtATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCtga < 1:796005/150‑1 (MQ=255) cgtATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTTTCGCtgatg > 1:2057606/1‑150 (MQ=255) | CACGGATTGGGTTTAAAAGTATACATAGATAACAGTTTTTATCTGAAGAAGAAAAATATCAAGGTGATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATG > CP009273/1428852‑1429149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |