Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,533,940 | C→T | 7.4% | A970T (GCG→ACG) | narZ ← | nitrate reductase 2 (NRZ), alpha subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,533,940 | 0 | C | T | 7.4% | 1135.1 / 53.0 | 322 | A970T (GCG→ACG) | narZ | nitrate reductase 2 (NRZ), alpha subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (148/150); new base T (13/11); total (161/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
TGATCGCTTTCCAGACCGGACCAGGTGGGGCTGGAGATAATTTTACGCGGCTGCGCCTGAATATCGCGAAAGCGAATCTTCTCGTCCTCTTTGTGCAGCGCCAGATGGGTATGTTCGCGCCCGGTGATCTCGCCCAGCGCCTGCCACGCTTTGACTGCAACATGACCGTTGGTTTCCGGTGCCAGTGCCAGAATCACTTCTGAAGCGTCAATGGCGGTGTCAATCAGCGGACGCCCCTGTGCCGGGCCATCACGCTTGGTGTAATTGAGTTTGCCGAGGAAATCGATTTCATCCTG > CP009273/1533792‑1534087 | tGATCGCTTTCCAGACCGGACCAGGTGGGGCTGGAGATAATTTTACGCGGCTGCGCCTGAATATCGCGAAAGCGAATCTTCTCGTCCTCTTTGTGCAGCGCCAGATGGGTATGTTCGCGCCCGGTGATCTCGCCCAGCGCCTGCCACGCt > 1:1762152/1‑150 (MQ=255) tGATCGCTTTCCAGACCGGACCAGGTGGGGCTGGAGATAATTTTACGCGGCTGCGCCTGAATATCGCGAAAGCGAATCTTCTCGTCCTCTTTGTGCAGCGCCAGATGGGTATGTTCGCGCCCGGTGATCTCGCCCAGCGCCTGCCACGCt > 1:2608842/1‑150 (MQ=255) gATCGCTTTCCAGACCGGACCAGGTGGGGCTGGAGATAATTTTACGCGGCTGCGCCTGAATATCGCGAAAGCGAATCTTCTCGTCCTCTTTGTGCAGCGCCAGATGGGTATGTTCGCGCCCGGTGATCTCGCCCAGCGCCTGCCACGCtt > 1:1837805/1‑150 (MQ=255) tCGCTTTCCAGACCGGACCAGGTGGGGCTGGAGATAATTTTACGCGGCTGCGCCTGAATATCGCGAAAGCGAATCTTCTCGTCCTCTTTGTGCAGCGCCAGATGGGTATGTTCGCGCCCGGTGATCTCGCCCAGCGCCTGCCACGCTTTg < 1:2318573/150‑1 (MQ=255) cGCTTTCCAGACCGGACCAGGTGGGGCTGGAGATAATTTTACGCGGCTGCGCCTGAATATCGCGAAAGCGAATCTTCTCGTCCTCTTTGTGCAGCGCCAGATGGGTATGTTCGCGCCCGGTGATCTCGCCCAGCGCCTGCCACGCTTTGa > 2:270158/1‑150 (MQ=255) cTTTCCAGACCGGACCAGGTGGGGCTGGAGATAATTTTACGCGGCTGCGCCTGAATATCGCGAAAGCGAATCTTCTCGTCCTCTTTGTGCAGCGCCAGATGGGTATGTTCGCGCCCGGTGATCTCGCCCAGCGCCTGCCACGCTTTGACt < 2:4001503/150‑1 (MQ=255) ttCCAGACCGGACCAGGTGGGGCTGGAGATAATTTTACGCGGCTGCGCCTGAATATCGCGAAAGCGAATCTTCTCGTCCTCTTTGTGCAGCGCCAGATGGGTATGTTCGCGCCCGGTGATCTCGCCCAGCGCCTGCCACGCTTTGACTGc > 1:2387016/1‑150 (MQ=255) tCCAGACCGGACCAGGTGGGGCTGGAGATAATTTTACGCGGCTGCGCCTGAATATCGCGAAAGCGAATCTTCTCGTCCTCTTTGTGCAGCGCCAGATGGGTATGTTCGCGCCCGGTGATCTCGCCCAGCGCCTGCCACGCTTTGACTGCa > 1:1008842/1‑150 (MQ=255) ccAGACCGGACCAGGTGGGGCTGGAGATAATTTTACGCGGCTGCGCCTGAATATCGCGACAGCGAATCTTCTCGTCCTCTTTGTGCAGCGCCAGATGGGTATGTTCGCGCCCGGTGATCTCGCCCAGCGCCTGCCACGCTTTGACTGCaa < 2:1044621/150‑1 (MQ=255) ccAGACCGGACCAGGTGGGGCTGGAGATAATTTTACGCGGCTGCGCCTGAATATCGCGAAAGCGAATCTTCTCGTCCTCTTTGTGCAGCGCCAGATGGGTATGTTCGCGCCCGGTGATCTCGCCCAGCGCCTGCCACGCTTTGACTGCaa < 2:333136/150‑1 (MQ=255) gACCGGACCAGGTGGGGCTGGAGATAATGTTACGCGGCTGCGCCTGAATATCGCGAAAGCGAATCTTCTCGTCCTCTTTGTGCAGCGCCAGATGGGTATGTTCGCGCCCGGTGATCTCGCCCAGCGCCTGCCACGCTTTGACTGCAACag < 2:3111837/150‑2 (MQ=255) aCCGGACCAGGTGGGGCTGGAGATAATTTTACGCGGCTGCGCCTGAATATCGCGAAAGCGAATCTTCTCGTCCTCTTTGTGCAGCGCCAGATGGGTATGTTCGCGCCCGGTGATCTCGCCCAGCGCCTGCCACGCTTTGACTGCAACATg > 2:4083124/1‑150 (MQ=255) ccGGACCAGGTGGGGCTGGAGATAATTTTACGCGGCTGCGCCTGAATATCGCGAAAGCGAATCTTCTCGTCCTCTTTGTGCAGCGCCAGATGGGTATGTTCGCGCCCGGTGATCTCGCCCAGCGCCTGCCACGCTTTGACTGCAACATGa < 2:1544236/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |