Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,648,870 | A→T | 9.9% | W177R (TGG→AGG) | rspA ← | bifunctional D‑altronate/D‑mannonate dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,648,870 | 0 | A | T | 9.9% | 853.9 / 68.9 | 264 | W177R (TGG→AGG) | rspA | bifunctional D‑altronate/D‑mannonate dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (117/121); new base T (14/12); total (131/133) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.53e-01 |
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
ACCAAAGCGCGCCGCTTCAATAGGCGTTAAGCGATGGTGCATGTCATGCAGCAAATGTTCATTAAAACCAAACTTGTTACGTACCGCGTCAAACAATTTCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGCTCTTCCGGCCACTGTCCTTTGGTTGCGGGTTCATAAGCCAGACCTTTACCTTTCGACATGCCGTAGGTGGTTTTCATACCAGGGATTCCGCACTGCACGCGGATGGCTTTGAATCCAAGCTCTTGATGACGGGCATAATCATCCAGAGCTTCATCAATAC > CP009273/1648721‑1649019 | aCCAAAGCGCGCCGCTTCAATAGGCGTTAAGCGATGGTGCATGTCATGCAGCAAATGTTCATTAAAACCAAACTTGTTACGTACCGCGTCAAACAATTTCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGCTCTTCCGGCCa > 1:1017965/1‑150 (MQ=255) aCCAAAGCGCGCCGCTTCAATAGGCGTTAAGCGATGGTGCATGTCATGCAGCAAATGTTCATTAAAACCAAACTTGTTACGTACCGCGTCAAACAATTTCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGCTCTTCCGGCCa > 1:3059403/1‑150 (MQ=255) ccAAAGCGCGCCGCTTCAATAGGCGTTAAGCGATGGTGCATGTCATGCAGCAAATGTTCATTAAAACCAAACTTGTTACGTACCGCGTCAAACAATTTCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGCTCTTCCGGCCAc > 1:3350578/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |