| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,832,413 | C→A | 90.3% | L315L (CTC→CTA) | ynjC → | inner membrane putative ABC superfamily transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,832,413 | 0 | C | A | 90.3% | 890.9 / 72.6 | 313 | L315L (CTC→CTA) | ynjC | inner membrane putative ABC superfamily transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/7); new base A (121/160); total (146/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.58e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
TATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACAC > CP009273/1832266‑1832562 | tATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCtaat > 1:364752/1‑150 (MQ=255)tATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCtaat < 1:2734853/150‑1 (MQ=255) aTTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCtaatc > 2:2253142/1‑150 (MQ=255) ttCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCtaatca > 1:2471504/1‑150 (MQ=255) ccccGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTATGATGGCGATACTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAAc > 1:585703/1‑150 (MQ=255) gcgTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGcc < 1:3365870/150‑1 (MQ=255) gcgTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGcc < 1:2031785/150‑1 (MQ=255) cgTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCCATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCt > 2:3202591/1‑150 (MQ=255) cgTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCt < 1:3272866/150‑1 (MQ=255) cgTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGGCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCCACAGCCt > 1:2508344/1‑150 (MQ=255) gTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTg < 2:286593/150‑1 (MQ=255) tGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCACTACGCTGGCGATTTTTTTACCCATAACCCGGGTGCGGTGTGGGGGTCTGCTGGCGATCCCCCCGGATCAGTCGACCATCAAAAGTGAAGCCCAAATCAACAGCCAGACaaa > 1:1181614/1‑149 (MQ=255) ggCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCGGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCGGAccctg > 2:1458980/1‑146 (MQ=255) gTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATgggg < 2:2827035/150‑1 (MQ=255) tCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCGGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCt > 2:35935/1‑150 (MQ=255) cAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCGTAACCGGTGTGCGGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCtggt > 1:3188575/1‑150 (MQ=255) aaGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCGCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCtggtg > 2:3379662/1‑150 (MQ=255) aGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCGTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCCGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAAAAGCCTGACAAAGGGGCtggtgg > 1:3419223/1‑150 (MQ=255) gCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGc < 2:3981070/150‑1 (MQ=255) cTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGa > 1:2097316/1‑150 (MQ=255) tGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCACGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGAc > 1:676677/1‑150 (MQ=255) ccACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTCACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACAt < 1:3028512/150‑1 (MQ=255) cGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCa < 2:916499/150‑1 (MQ=255) 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tGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTGTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCGGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGc > 1:3528528/1‑150 (MQ=255) ccGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTc < 1:1782723/150‑1 (MQ=255) ccGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTc < 2:3680586/150‑1 (MQ=255) gggCAATACGCTGGCGATTTTTTTAACCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAAAAGTGAAGCGCTAATAAACAGCCTGACAAATGGGGGGGTGGCGACATTCATAGCTTTTGTCCt > 1:2361762/1‑150 (MQ=255) tACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTAct < 1:1429850/150‑1 (MQ=255) 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tttttttACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTgg > 1:4306439/1‑150 (MQ=255) ttttttACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGa > 2:3877803/1‑150 (MQ=255) tttttACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGaa > 1:1331793/1‑150 (MQ=255) tttACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATg < 2:3607943/150‑1 (MQ=255) ttACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATgg > 1:102475/1‑150 (MQ=255) 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cgcTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGt > 1:3156060/1‑150 (MQ=255) cgcTAATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGt < 2:1609885/150‑1 (MQ=255) | TATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACAC > CP009273/1832266‑1832562 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |