| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 148,264 | G→T | 11.9% | A152E (GCA→GAA) | yadL ← | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 148,264 | 0 | G | T | 11.9% | 711.5 / 54.8 | 210 | A152E (GCA→GAA) | yadL | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (112/73); new base T (15/10); total (127/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
GTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGG‑TTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGG > CP009273/148116‑148411 | gttaTTGTTTCCTTTAATTGTGGCTGGTGCATAAAACTTCCCCGACTTGAATTTTTTTAGGG‑TTTTTTTTTTTC‑CCCCGCCCCGGGGTGCACTCAGCGTTTAAAACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGc < 1:1404738/150‑1 (MQ=255)gttaTAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGG‑TTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGc > 1:447121/1‑150 (MQ=255)gttaTAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGG‑TTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGc > 2:3570673/1‑150 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aTGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGG‑TTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTaa > 1:2663211/1‑150 (MQ=255) aTGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGG‑TTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTaa > 1:1730828/1‑150 (MQ=255) tgGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGG‑TTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAAtt > 2:4354272/1‑150 (MQ=255) ggTGCATAAAACTTACCCGCTGTGAC‑TTTTTTTCGG‑TTTTTTTTTTTTGCCACGCCCTGGCTTGCCCCCCTCGTATAATACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATTCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGtt < 2:3436658/150‑1 (MQ=255) ggTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGG‑TTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTAGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGtt > 2:1656477/1‑150 (MQ=255) gttaataaaaCTAACCCGCTGTTACTTTTTTTTGGT‑TTTTTTTTTTAC‑CCACCCCCAGGCTTGCACTATGCTTATAATACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTg < 1:2135471/144‑1 (MQ=255) gtgaataaaaCTTACCCGCTGTTA‑ATTTTTTTCGGTTTTTTTTTTTTT‑CCCCGACCCGGCGTGCAATCATGGTATAAAAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTg < 1:320587/144‑1 (MQ=255) gCACAAAACTCACCCGCAGTGACTTTGTTTACGT‑TTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGTATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATTCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCa < 2:2030799/150‑1 (MQ=255) cAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGG‑TTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTCAATTGTGTTGCAc > 2:4085303/1‑150 (MQ=255) cAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGG‑TTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCAc > 2:2865913/1‑150 (MQ=255) 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aCATTGTTTACGG‑TTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACa > 2:2119476/1‑150 (MQ=255) tttACGG‑TTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTc > 2:2094600/1‑150 (MQ=255) tACGG‑TTTTATTTTTGA‑CCACGACCAGGCGTGCAAACATCGGATAAAAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCa < 2:2785132/150‑1 (MQ=255) aggtttttATTTTTTA‑CCCCCCCCTGGCGTGCACTCATGGTATAAAACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAg < 2:3293371/146‑1 (MQ=255) g‑TTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGTATAATACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACt < 2:3961789/150‑1 (MQ=255) 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aTTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAA‑CCCGCACCGTCATTAGCAg < 2:3618545/150‑1 (MQ=255) gTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGtt < 1:3059956/150‑1 (MQ=255) gTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGtt > 2:2678591/1‑150 (MQ=255) ttACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTc < 1:1107608/150‑1 (MQ=255) tACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTcc > 1:2727245/1‑150 (MQ=255) tACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTcc > 1:1779460/1‑150 (MQ=255) aCCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTccc < 1:362212/150‑1 (MQ=255) ctctTGTGATTCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTc < 1:1504947/150‑1 (MQ=255) ctTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGc > 1:3794247/1‑150 (MQ=255) tgtgATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCAt < 2:3635850/150‑1 (MQ=255) tgtgATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCAt < 1:387396/150‑1 (MQ=255) aTGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTgg < 1:295942/150‑1 (MQ=255) | GTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGG‑TTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGG > CP009273/148116‑148411 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |