Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,168,487 | A→T | 41.3% | D14E (GAT→GAA) | gatA ← | galactitol‑specific enzyme IIA component of PTS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,168,487 | 0 | A | T | 41.3% | 179.1 / inf | 251 | D14E (GAT→GAA) | gatA | galactitol‑specific enzyme IIA component of PTS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (93/54); new base T (57/47); total (150/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
ACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTCCCCGGACTGAATGC > CP009273/2168340‑2168635 | acaATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATc > 2:152179/1‑150 (MQ=255) acaATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATc > 2:2324842/1‑150 (MQ=255) acaATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATc < 1:2311740/150‑1 (MQ=255) aaTGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGa > 2:1343278/1‑150 (MQ=255) ggTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACaaaa > 1:1257940/1‑150 (MQ=255) gTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAg > 2:740286/1‑150 (MQ=255) gTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAg > 1:723299/1‑150 (MQ=255) tATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGa > 1:618743/1‑150 (MQ=255) 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tCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGaacaaac > 2:1853937/1‑150 (MQ=255) tCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGaacaaac > 2:4051496/1‑150 (MQ=255) gCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGt < 2:162526/150‑1 (MQ=255) cATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGtt > 2:2980727/1‑150 (MQ=255) aTTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTa < 1:3226684/150‑1 (MQ=255) 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tAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCg > 1:2877200/1‑150 (MQ=255) aTGCCTTTGTCCATGTATCATGAACCACACATTTGGCGAGCATCTCATTACAGATATGGGTTAATTCTTCGCTACGATCGACAAAATAAATTCCGCTACGAACAAACAGTTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGAt < 2:442656/150‑1 (MQ=255) aTGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGAt > 2:3338337/1‑150 (MQ=255) ccTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAgg > 2:4171445/1‑150 (MQ=255) tgtgGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGgcg > 1:789685/1‑150 (MQ=255) 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cacaCCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAAtttt > 1:2972896/1‑150 (MQ=255) cacCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTAt < 1:2329731/150‑1 (MQ=255) cacCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTAt > 1:3365192/1‑150 (MQ=255) acCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATc < 1:2660053/150‑1 (MQ=255) cTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCa < 2:3276778/150‑1 (MQ=255) cTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCa > 2:1591301/1‑150 (MQ=255) cTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCa < 1:2919151/150‑1 (MQ=255) cTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTACCCa < 2:3637327/150‑1 (MQ=255) tttGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCAt < 1:2812756/150‑1 (MQ=255) tGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATaa > 1:1521167/1‑150 (MQ=255) ggCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACTTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAAt < 2:1989104/150‑1 (MQ=255) ggCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAAt < 1:3106641/150‑1 (MQ=255) cGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCa > 2:1341087/1‑150 (MQ=255) cGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCa < 2:169157/150‑1 (MQ=255) aGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGATACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCATTATTACGCACCGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAAAATCATAAAATTTATCCATAATCAGc > 2:378932/1‑150 (MQ=255) 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gggTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATa < 2:3566180/150‑1 (MQ=255) gTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAAt < 1:3667708/150‑1 (MQ=255) gTTAAAACTTCGCTACGTTCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAAt > 2:2569583/1‑150 (MQ=255) tAAAAATTCGCTTCGATCGACAAAAGAAAGTCCGCTACGAACAAAGAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGAGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCTGTATTGCTGATAATTc < 1:3071263/150‑1 (MQ=255) aaaCTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTccc > 2:3934190/1‑150 (MQ=255) 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tACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTCCCCGGACTGaa > 2:829253/1‑150 (MQ=255) gATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTCCCCGGACTGAATGc > 1:1142286/1‑150 (MQ=255) | ACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGCGCGCAAAACATCATAAATTTTATCCATAATCAGCTGATGCGGTATTGCTGATAATTCCCCGGACTGAATGC > CP009273/2168340‑2168635 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |