Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 172,107 | G→T | 22.7% | E172* (GAA→TAA) | clcA → | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 172,107 | 0 | G | T | 22.7% | 623.4 / 147.7 | 247 | E172* (GAA→TAA) | clcA | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (91/100); new base T (28/28); total (119/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.64e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
TTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGT > CP009273/171958‑172256 | ttCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACg < 1:1397230/150‑1 (MQ=255) cGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGaa > 1:1584768/1‑150 (MQ=255) gCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAg < 2:721399/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAg > 1:2173324/1‑150 (MQ=255) tggCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGc > 1:1001667/1‑150 (MQ=255) ggCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTcaat < 1:2372435/150‑4 (MQ=255) ggCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTcaat < 1:2372397/150‑4 (MQ=255) gCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCa < 1:3457267/150‑1 (MQ=255) cGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCAt > 2:190211/1‑150 (MQ=255) gtATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACTAAGCTCGCCATACg > 2:1444666/1‑150 (MQ=255) gtATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACg > 2:3198255/1‑150 (MQ=255) tGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACTAAGCTCGCCATACgctgc > 1:2883556/1‑150 (MQ=255) gCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACgctgct < 1:415006/150‑1 (MQ=255) 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gggCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCg < 2:2843236/150‑1 (MQ=255) gggCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCg < 1:3099678/150‑1 (MQ=255) gCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCggg < 1:1932840/150‑1 (MQ=255) cTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACTAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCgggg < 2:1893279/150‑1 (MQ=255) ggggACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGggct > 1:2290048/1‑150 (MQ=255) 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cggcggAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGc > 2:524789/1‑150 (MQ=255) cggaggAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAAAATTGGACGTATGGTGCTTGATATTTTACGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGc > 2:1110456/1‑150 (MQ=255) gcggAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCt < 2:845054/150‑1 (MQ=255) cggAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGTCTGAAAGGTGACTAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCtt > 1:1518538/1‑150 (MQ=255) ggAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCttt > 2:3420155/1‑150 (MQ=255) 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ttGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACTAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTg < 2:100221/150‑1 (MQ=255) ttGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTCCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTg > 1:2498818/1‑150 (MQ=255) ggggCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGc > 1:2165531/1‑150 (MQ=255) ggggCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGc < 2:416171/150‑1 (MQ=255) ggggCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGc > 1:2385551/1‑150 (MQ=255) 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gAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGgt > 1:1651531/1‑150 (MQ=255) gAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGgt > 1:1311055/1‑150 (MQ=255) | TTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGGT > CP009273/171958‑172256 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |