| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,181,645 | A→G | 88.7% | N83N (AAT→AAC) | yehA ← | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,181,645 | 0 | A | G | 88.7% | 613.9 / 52.9 | 194 | N83N (AAT→AAC) | yehA | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/8); new base G (86/86); total (100/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
AATCATCACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAATCCCCCTG > CP009273/2181498‑2181791 | tcatcaCTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAagttta < 2:1045463/150‑1 (MQ=255) aCTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTTAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAAtttt < 1:2067758/150‑1 (MQ=255) aCTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAAtttt < 2:2787292/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |