| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 186,279 | A→T | 19.2% | noncoding (81/136 nt) | tff → | novel sRNA, function unknown |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 186,279 | 0 | A | T | 19.2% | 746.3 / 165.3 | 287 | noncoding (81/136 nt) | tff | novel sRNA, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (115/117); new base T (27/28); total (142/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
GACGTCTGATGCTGTACACAGCGCCAACAATTATTGGTGTCCACGACGTATTTGTGGTATAAAGCGCGCCGGACTTCCGATCCATTTCGTATACACAGACTGGACGGAAGCGACAATCTCACTTTGTGTAACAACACACACGTATCGGCACATATTCCGGGGTGCCCTTTGGGGTCGGTAATATGGGATACGTGGAGGCATAACCCCAACTTTTATATAGAGGTTTTAATCATGGCAACTGTTTCCATGCGCGACATGCTCAAGGCTGGTGTTCACTTCGGTCACCAGACCCGTTAC > CP009273/186130‑186426 | gACGTCTGATGCTGTACACAGCGCCAACAATTATTGGTGTCCACGACGTATTTGTGGTATAAAGCGCGCCGGACTTCCGATCCATTTCGTATACACAGACTGGACGGAAGCGACAATCTCACTTTGTGTAACAACACACACGTATCGGca > 1:2401986/1‑150 (MQ=255)gACGTCTGATGCTGTACACAGCGCCAACAATTATTGGTGTCCACGACGTATTTGTGGTATAAAGCGCGCCGGACTTCCGATCCATTTCGTATACACAGACTGGACGGAAGCGACAATCTCACTTTGTGTAACAACACACACGTATCGGca > 1:265206/1‑150 (MQ=255)gACGTCTGATGCTGTACACAGCGCCAACAATTATTGGTGTCCACGACGTATTTGTGGTATAAAGCGCGCCGGACTTCCGATCCATTTCGTATACACAGACTGGACGGAAGCGACAATCTCACTTTGTGTAACAACACACACGTATCGGca > 1:3340886/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |