| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,294,769 | C→A | 13.2% | P488P (CCG→CCT) | napA ← | nitrate reductase, periplasmic, large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,294,769 | 0 | C | A | 13.2% | 896.1 / 85.8 | 272 | P488P (CCG→CCT) | napA | nitrate reductase, periplasmic, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (103/133); new base A (18/18); total (121/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
GCGTTACCGTAAGCGCCCTCTTTCTCTACCCACATTGCGGTCGGCAGGATCAAGTCGGCGGCCAGCGCACTGACTGTCGGATACGGATCGGAGACGATGATGAAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACG > CP009273/2294620‑2294918 | gcgttACCGTAAGCGCCCTCTTTCTCTACCCACATTGCGGTCGGCAGGATCAAGTCGGCGGCCAGCGCACTGACTGTCGGATACGGATCGGAGACGATGATGAAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTc < 2:1538520/150‑1 (MQ=255) gttACCGTAAGCGCCCTCTTTCTCTACCCACATTGCGGTCGGCAGGATCAAGTCGGCGGCCAGCGCACTGACTGTCGGATACGGATCGGAGACGATGATGAAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTcgg > 1:4001028/1‑150 (MQ=255) gttACCGTAAGCGCCCTCTTTCTCTACCCACATTGCGGTCGGCAGGATCAAGTCGGCGGCCAGCGCACTGACTGTCGGATACGGATCGGAGACGATGATGAAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTcgg > 1:2603548/1‑150 (MQ=255) gttACCGTAAGCGCCCTCTTTCTCTACCCACATTGCGGTCGGCAGGATCAAGTCGGCGGCCAGCGCACTGACTGTCGGATACGGATCGGAGACGATGATGAAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTcgg > 1:2017888/1‑150 (MQ=255) gttACCGTAAGCGCCCTCTTTCTCTACCCACATTGCGGTCGGCAGGATCAAGTCGGCGGCCAGCGCACTGACTGTCGGATACGGATCGGAGACGATGATGAAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTcgg > 1:1959767/1‑150 (MQ=255) gttACCGTAAGCGCCCTCTTTCTCTACCCACATTGCGGTCGGCAGGATCAAGTCGGCGGCCAGCGCACTGACTGTCGGATACGGATCGGAGACGATGATGAAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTagg > 1:3446155/1‑150 (MQ=255) aCCGTAAGCGCCCTCTTTCTCTACCCACATTGCGGTCGGCAGGATCAAGTCGGCGGCCAGCGCACTGACTGTCGGATACGGATCGGAGACGATGATGAAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTaggccc < 2:348260/150‑1 (MQ=255) gTAAGCGCCCTCTTTCTCTACCCACATTGCGGTCGGCAGGATCAAGTCGGCGGCCAGCGCACTGACTGTCGGATACGGATCGGAGACGATGATGAAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTcggcccggc < 1:668190/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |