| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,399,210 | G→T | 90.0% | S304* (TCA→TAA) | lrhA ← | transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 2,399,210 | 0 | G | T | 90.0% | 534.0 / 46.0 | 192 | S304* (TCA→TAA) | lrhA | transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/6); new base T (77/95); total (91/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
TGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGTAGCGGCGGTAAGCCA > CP009273/2399063‑2399359 | gTACTTTCTGAATTATGCGATGAAGGATTTTTCCT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAat < 2:4046803/150‑1 (MQ=255) gTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGCTTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAAGGaaa > 1:4125177/1‑149 (MQ=255) gTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTAAACTATTTTCTAAGGAATTATGTATCGTGCGTCGATTAAACGATATACCTTTGCATCAACCATTAat > 1:97266/1‑150 (MQ=255) 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caaTTAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGTAGCGGCGGTaa > 2:3795900/1‑150 (MQ=255) gAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGTAGCGGCGGTAAGCCa > 2:2405672/1‑150 (MQ=255) | TGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGTAGCGGCGGTAAGCCA > CP009273/2399063‑2399359 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |