| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,808,646 | G→T | 17.3% | R385S (CGC→AGC) | gshA ← | glutamate‑cysteine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,808,646 | 0 | G | T | 17.3% | 794.4 / 103.9 | 265 | R385S (CGC→AGC) | gshA | glutamate‑cysteine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (108/110); new base T (26/21); total (134/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
CACACACTTTCTGATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACACCAATCGGCGAGAACGGGT > CP009273/2808499‑2808795 | acacTTTCTGATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCtt < 1:1093294/150‑1 (MQ=255) acacTTTCTGATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCtt > 1:1468888/1‑150 (MQ=255) acTTTCTGATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCCGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCg > 1:1080475/1‑150 (MQ=255) 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gATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCa > 2:1100769/1‑150 (MQ=255) gATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCa > 2:2189980/1‑150 (MQ=255) cTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGt < 2:3348026/150‑1 (MQ=255) cTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGt < 2:1153779/150‑1 (MQ=255) ttCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACTGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGATGATCACCCGGtt < 2:239569/150‑1 (MQ=255) 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aTACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCTACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCa < 1:3439756/150‑1 (MQ=255) gCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTacac < 2:3300055/150‑1 (MQ=255) cGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACAcc < 1:308582/150‑1 (MQ=255) cGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACAcc < 2:3190680/150‑1 (MQ=255) cGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACAcc < 1:922174/150‑1 (MQ=255) 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gCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACACCAATCGGCGAGAACgg < 1:2290041/150‑1 (MQ=255) gACCTTCGTGGATCACCCGGTTCCAGTTCACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCCGCCAGCGCACACCAGACCATAACCCGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTGCATCGACACCAATCGGCGAGAACGGGt > 2:238711/1‑150 (MQ=255) | CACACACTTTCTGATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACACCAATCGGCGAGAACGGGT > CP009273/2808499‑2808795 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |