| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 235,010 | G→T | 16.0% | L72I (CTT→ATT) | ykfM ← | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 235,010 | 0 | G | T | 16.0% | 233.8 / 7.8 | 117 | L72I (CTT→ATT) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/29); new base T (4/19); total (68/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |