Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,846,112 | C→A | 35.1% | I206I (ATC→ATA) | hypD → | hydrogenase maturation protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,846,112 | 0 | C | A | 35.1% | 428.7 / 288.5 | 285 | I206I (ATC→ATA) | hypD | hydrogenase maturation protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (102/83); new base A (44/56); total (146/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.26e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
CTGCAACAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTATCGTCG > CP009273/2845966‑2846261 | ctGCAACAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGc < 1:1053233/150‑1 (MQ=255) tGCAACAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCa > 1:4150525/1‑150 (MQ=255) cAACAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCAcc < 2:220433/150‑1 (MQ=255) aCAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGa > 1:4089051/1‑150 (MQ=255) cAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGAc < 1:3822682/150‑1 (MQ=255) cAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACCTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGAc < 1:4017906/150‑1 (MQ=255) gCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGcc < 1:330102/150‑1 (MQ=255) gAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCta < 1:1495614/150‑1 (MQ=255) aaaGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATTCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCtat < 1:2591792/150‑1 (MQ=255) aaaGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCtat > 2:587443/1‑150 (MQ=255) aaaGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCtat > 1:782423/1‑150 (MQ=255) gcgcGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAAt < 1:3778316/150‑1 (MQ=255) cgcgTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAAtt < 2:1122035/150‑1 (MQ=255) gTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTa > 2:3275325/1‑150 (MQ=255) tGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTAt < 1:451469/150‑1 (MQ=255) tGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTAt > 1:566063/1‑150 (MQ=255) tGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTAt < 1:2361339/150‑1 (MQ=255) gATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATc < 2:1795717/150‑1 (MQ=255) gATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATc < 1:642404/150‑1 (MQ=255) aTGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCg > 1:1685490/1‑150 (MQ=255) tgtgCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGc > 1:3620636/1‑150 (MQ=255) tgtgCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGc > 2:2627739/1‑150 (MQ=255) gtgCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGcc > 2:1469432/1‑150 (MQ=255) gtgCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGcc > 2:4024826/1‑150 (MQ=255) tgCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCa < 2:2711114/150‑1 (MQ=255) gCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAg > 2:1024434/1‑150 (MQ=255) gCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAg > 2:4297591/1‑150 (MQ=255) aGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCg > 2:4304533/1‑150 (MQ=255) aaTTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGAt < 2:1999184/150‑1 (MQ=255) ttACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCa > 2:1719733/1‑150 (MQ=255) ttACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCa < 2:3828280/150‑1 (MQ=255) ttACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCa > 2:4200350/1‑150 (MQ=255) ttcttcTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGt < 1:1081679/150‑1 (MQ=255) cttctGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTcc < 2:2144797/150‑1 (MQ=255) ttctGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCg < 2:2362415/150‑1 (MQ=255) tctGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGc > 1:2420461/1‑150 (MQ=255) tGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCtg > 2:2245377/1‑150 (MQ=255) gCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCtgg < 1:219442/150‑1 (MQ=255) 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tATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGa > 1:2495907/1‑150 (MQ=255) tATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGa > 1:4228120/1‑150 (MQ=255) tCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAAc > 2:2988414/1‑150 (MQ=255) tCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAAc < 2:1000764/150‑1 (MQ=255) cccGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAAcc > 2:1454631/1‑150 (MQ=255) 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ttGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACaa > 1:3708137/1‑150 (MQ=255) tGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAg > 2:121071/1‑150 (MQ=255) tGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAg > 1:3005389/1‑150 (MQ=255) gCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAgg < 1:2545464/150‑1 (MQ=255) cTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGc < 1:3275325/150‑1 (MQ=255) 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ggTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTgcag < 2:451932/150‑1 (MQ=255) gTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTgcagc > 2:3893193/1‑150 (MQ=255) cGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGaa < 1:1719733/150‑1 (MQ=255) cGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGaa > 2:3570826/1‑150 (MQ=255) gATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGaaa > 2:318645/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |