| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 245,779 | C→A | 6.5% | pseudogene (779/1713 nt) | lfhA ← | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment; flagellar biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 245,779 | 0 | C | A | 6.5% | 1100.6 / 35.7 | 292 | pseudogene (779/1713 nt) | lfhA | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment; flagellar biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (133/139); new base A (7/12); total (141/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
CAGTTTATCCGCCGGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCG > CP009273/245631‑245926 | aGTTTATCCGCCGGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCgaga < 1:1955468/150‑1 (MQ=255) aGTTTATCCGCCGGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGa > 2:2744060/1‑150 (MQ=255) gTTTATCCGCCGGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGaa > 2:2653890/1‑150 (MQ=255) aTCCGCCGGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCg > 2:1623473/1‑150 (MQ=255) aTCCGCCGGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCg > 1:1541748/1‑150 (MQ=255) ccgccgGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCt < 1:918954/150‑1 (MQ=255) ccgccgGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCt > 1:4154239/1‑150 (MQ=255) cgccgGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTg > 1:1880012/1‑150 (MQ=255) 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atCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCgg < 1:886563/150‑1 (MQ=255) ccGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGt < 2:3295457/150‑1 (MQ=255) cTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTAc > 2:178677/1‑150 (MQ=255) cTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTAc > 1:3362959/1‑150 (MQ=255) atcaGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCtg < 2:689467/150‑1 (MQ=255) 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tgatgaAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAgcg > 1:4269168/1‑150 (MQ=255) tgaAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGcca < 1:2126609/150‑1 (MQ=255) tgaAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGcca > 2:3419023/1‑150 (MQ=255) aaaTGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGccacca < 2:1216395/150‑1 (MQ=255) tGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGtt < 1:390183/150‑1 (MQ=255) 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aaaTCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCgg < 2:2030334/150‑1 (MQ=255) aaTCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGt > 1:2038189/1‑150 (MQ=255) cACCTGCCGCACGCCGCGAATCCCCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGAt < 1:3948812/150‑1 (MQ=255) aCCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATg > 2:4073318/1‑150 (MQ=255) aCCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATg > 2:1700953/1‑150 (MQ=255) 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cACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGt > 2:2235334/1‑150 (MQ=255) gccgcGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAg < 2:3015289/150‑1 (MQ=255) | CAGTTTATCCGCCGGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCG > CP009273/245631‑245926 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |