| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,245,848 | G→T | 91.1% | L62L (CTG→CTT) | yhaH → | DUF805 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,245,848 | 0 | G | T | 91.1% | 865.3 / 71.8 | 292 | L62L (CTG→CTT) | yhaH | DUF805 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/6); new base T (151/115); total (171/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.97e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
TCCGGGGTCGTGCGCGGCGCAAAGAGTACTGGATGTTTATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGCCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCAGGCGGGTACGCCAGGCGAAAACCG > CP009273/3245703‑3245997 | gggTCGTGCGCGGCGCAAAGAGTACTGGATGTTTATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGttttt < 1:3004397/150‑1 (MQ=255) gggTCGTGCGCGGCGCAAAGAGTACTGGATGTTTATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGttttt < 1:827732/150‑1 (MQ=255) tCGTGCGCGGCGCAAAGAGTACTGGATGTTTATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTAcc < 1:3324765/150‑1 (MQ=255) gTGCGCGGCGCAAAGAGTACTGGATGTTTATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCgt > 2:1506008/1‑150 (MQ=255) gTGCGCGGCGCAAAGAGTACTGGATGTTTATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCgt > 2:1777901/1‑150 (MQ=255) cgcgGCGCAAAGAGTACTGGATGTTTATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCgtggt < 1:4279640/150‑1 (MQ=255) cgcAAAGAGTACTGGATGTTTATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCg < 1:741985/150‑1 (MQ=255) cAAAGAGTACTGGATGTTTATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGt > 2:2179928/1‑150 (MQ=255) cAAAGAGTACTGGATGTTTATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGt > 1:3957530/1‑150 (MQ=255) cAAAGAGTACTGGATGTTTATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGt > 2:767617/1‑150 (MQ=255) aaGAGTACTGGATGTTTATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTc > 1:2035185/1‑150 (MQ=255) aaGAGTACTGGATGTTTATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTc < 2:32998/150‑1 (MQ=255) aaGAGTACTGGATGTTTATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTc < 2:184867/150‑1 (MQ=255) agagTACTGGATGTTTATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCa > 2:3429762/1‑150 (MQ=255) ggATGTTTATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTCTTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTccgcc > 2:2363637/1‑150 (MQ=255) ggATGTTTATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTccgcc > 2:715858/1‑150 (MQ=255) ggATGTTTATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTccgcc > 2:371897/1‑150 (MQ=255) gtgtATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGCCt > 1:2313549/4‑150 (MQ=255) 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ttgtggCGATGTCATGCTGACGACAATCTAGGGTTTTATTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGCCTTCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTCTCGGCTGGCTTATTatcat < 2:3637754/148‑1 (MQ=255) ggtggCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGCCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGGTTATCGGCTGGCTTATTatcatc > 1:3017970/1‑150 (MQ=255) ggCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGCCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTc > 1:3381272/1‑150 (MQ=255) ggCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGCCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTc > 2:323868/1‑150 (MQ=255) ggCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGCCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTc > 2:1596489/1‑150 (MQ=255) 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gacAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGCCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCAGGCggg < 2:2679452/150‑1 (MQ=255) acAATCTACGGTATTCTTGTGTTTTGACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGCCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCAGGCGGGt < 2:256425/150‑1 (MQ=255) aaTCTACGGTATTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGGTCAGTTCCGCCGCCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCAGGCGGGTAc < 2:4057038/150‑1 (MQ=255) tACGGTATTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGCCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCAGGCGGGTACGCCa < 1:792126/150‑1 (MQ=255) tACGGTATTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGCCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCAGGCGGGTACGCCa > 2:1310940/1‑150 (MQ=255) 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aTTCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGCCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCAGGCGGGTACGCCAGGCGaa > 1:2326090/1‑150 (MQ=255) tCTTGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGCCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCAGGCGGGTACGCCAGGCGaaaa > 2:3400431/1‑150 (MQ=255) | TCCGGGGTCGTGCGCGGCGCAAAGAGTACTGGATGTTTATTCTGGTCAACATCATCTTTACGTTCGTGCTGGGGCTGCTGGATAAAATGTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGCCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCAGGCGGGTACGCCAGGCGAAAACCG > CP009273/3245703‑3245997 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |