| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,296,612 | G→T | 42.7% | A255A (GCG→GCT) | yhbV → | U32 peptidase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,296,612 | 0 | G | T | 42.7% | 294.3 / inf | 333 | A255A (GCG→GCT) | yhbV | U32 peptidase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (96/94); new base T (73/70); total (169/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
GTGCTGTCGCAGGAAAACCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTAACAACTTTAACTAC > CP009273/3296463‑3296760 | gTGCTGTCGCAGGAAAACCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTcgcg > 2:2468284/1‑150 (MQ=255) tGCTGTCGCAGGAAAACCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGa > 1:2639626/1‑150 (MQ=255) gatGTCGCAGGAAAACCAAAAATTGATTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAAATAGCTGGCATCCATGCAGGGACTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGTGTACTGACACTTTCGCGAt > 2:1047643/3‑150 (MQ=255) cGCAGGAAAACCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCg > 2:1564670/1‑150 (MQ=255) gCAGGAAAACCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGa < 1:199461/150‑1 (MQ=255) aaaaCCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCTATGCTCGACGCCt > 2:3554822/1‑150 (MQ=255) aaaaCCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCt > 2:949327/1‑150 (MQ=255) aaCCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTc > 1:676342/1‑150 (MQ=255) ccAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCcg > 1:2451964/1‑150 (MQ=255) aacaaGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCcgcg > 2:2837334/1‑150 (MQ=255) acaaGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCCgcgc > 2:1396082/1‑150 (MQ=255) caaGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCTATGCTCGACGCCTTCCGCGCt > 1:3552008/1‑150 (MQ=255) caaGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCTATGCTCGACGCCTTCCGCGCt > 1:1358878/1‑150 (MQ=255) gtTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCTATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGa > 2:597267/1‑150 (MQ=255) tttGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGaa < 2:2302719/150‑1 (MQ=255) tGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCTATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGaaaa > 1:4241560/1‑150 (MQ=255) tGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCTATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGaaaa > 1:4339833/1‑150 (MQ=255) gTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAAt > 1:2351598/1‑150 (MQ=255) 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tCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCTATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGgcg > 2:2124024/1‑150 (MQ=255) aaTGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCTATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCt > 1:1336442/1‑150 (MQ=255) aaTGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCt > 1:940723/1‑150 (MQ=255) aTGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCTATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTg < 2:1610646/150‑1 (MQ=255) cAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTg > 2:3353608/1‑150 (MQ=255) 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tACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTa < 2:3610673/150‑1 (MQ=255) cTGACACTTTCGCTATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTaac < 1:1042061/150‑1 (MQ=255) acacTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTaacaac < 2:3000807/150‑1 (MQ=255) acacTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTaacaac > 2:2552696/1‑150 (MQ=255) tttCGCGATGCTCGCCGCATTCCGCTATAATGAAATTGGCGCGGCACCACTGCCGTTGACGGAGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTAACAACTTTa < 1:3032961/150‑1 (MQ=255) ttCGCTATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTAACAACTTTaa > 2:1849777/1‑150 (MQ=255) tCGCTATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTAACAACTTTAac < 1:4121592/150‑1 (MQ=255) tCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTAACAACTTTAac < 2:541831/150‑1 (MQ=255) tCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTAACAACTTTAac < 2:2049826/150‑1 (MQ=255) tCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTAACAACTTTAac < 2:2617260/150‑1 (MQ=255) cgctATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTAACAACTTTAact > 1:3262014/1‑150 (MQ=255) cgATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTAACAACTTTAactac < 2:1492103/150‑1 (MQ=255) | GTGCTGTCGCAGGAAAACCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTAACAACTTTAACTAC > CP009273/3296463‑3296760 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |