Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,385,702 | A→C | 6.5% | intergenic (‑315/+115) | tldD ← / ← yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,385,702 | 0 | A | C | 6.5% | 594.8 / 7.5 | 232 | intergenic (‑315/+115) | tldD/yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (143/66); new base C (2/19); total (146/86) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
CGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAAC > CP009273/3385553‑3385850 | gACCTCGGGTTCTGTTCCGTTTTTAGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCaa < 2:3475918/150‑1 (MQ=11) gACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAGCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTGTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCaa > 2:3241420/1‑150 (MQ=255) acctcgggTTATGTTCCTTTTGTAGGCATTTTAAGACCCACACCGTCGCATCAGCCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAAc < 2:1122901/144‑1 (MQ=11) cTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACgg > 2:352806/1‑150 (MQ=35) cTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACgg > 2:425671/1‑150 (MQ=35) ggTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTATGCC‑TGATAAGACGCACAGAGACGCATCAGGCAACGGCTGc > 2:3046344/1‑150 (MQ=255) ggTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTga > 2:2438507/1‑149 (MQ=25) ttATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCATATCCGACCTACGGTTATGTTCA‑GGATGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGAGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCg > 2:995629/1‑150 (MQ=11) tATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCgg > 2:3946423/1‑150 (MQ=35) aTGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGa > 1:3955123/1‑150 (MQ=35) aTGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGa > 2:1584175/1‑150 (MQ=35) ttCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATgc > 1:2786242/1‑150 (MQ=35) cGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGGTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATgcggc > 2:2292572/1‑150 (MQ=17) ttttttgggCCTTATACGCCGCACCGGGTCGCATCTGCCAACGGCTGCGGTAGGCGGCGTAAACGCCTTACCCGACCTCCGGTTATGTTCG‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGAATCTGGCAACGGCTGCCGGATgcggcg < 2:2066265/143‑1 (MQ=11) ttGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTCTCCGACCTACGGTTAGGTTCC‑GGTGGGAGGCC‑TGATACGACGCACAGCGTCGCGTCAGGCCACGGCTGCCGGCGGCGGCGTg > 2:2475578/1‑150 (MQ=11) ttGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCCACGGCTGCCGGATGCGGCGTg > 2:301195/1‑150 (MQ=17) tGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGa > 2:757431/1‑150 (MQ=33) tGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGa > 1:1736666/1‑150 (MQ=33) tGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGa > 2:2150572/1‑150 (MQ=33) tAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAc > 1:473321/1‑150 (MQ=34) tAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAc > 2:915910/1‑150 (MQ=34) gATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTAt > 1:3101067/1‑150 (MQ=37) aTAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATc > 2:784839/1‑150 (MQ=37) 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acaGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTCAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GGTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCGATCCGACCTACg > 2:4133970/1‑150 (MQ=255) gCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGtt > 1:2133138/1‑150 (MQ=37) aTCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTCCGgttctgttct > 2:4269771/1‑150 (MQ=255) ggCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCt > 1:4096055/1‑150 (MQ=40) aCGGCTGCCGGATGCGGCTTAACCGCCTTATCCGACCTACGTTTTTTTTCG‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGtt < 2:965416/150‑1 (MQ=14) 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cggcgTAACCGCCTTAGCCGCCCTCCGGTTTTGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGCCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACg < 2:2655530/150‑1 (MQ=17) cggcgTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACg > 2:4157859/1‑150 (MQ=255) ggTACACGCCTACTCCGCCCTACGTTAATTTCCC‑GTTTGTAGGCC‑TAACAAGAGTCACAGCTTGTCTTATGTCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGAtt < 2:4324925/149‑1 (MQ=12) aaCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATcc > 1:659876/1‑150 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATcc > 2:3192915/1‑150 (MQ=255) 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cacaGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCtt > 2:2829554/1‑150 (MQ=255) cacaGCGTCGCAACAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCtt < 2:960296/150‑1 (MQ=255) aGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTAc > 2:153539/1‑150 (MQ=255) ggggcGCATCCGGCCACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTAcg < 1:2996351/146‑1 (MQ=255) gTCGCATCAGGCCACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTAcgcg < 2:3955123/150‑1 (MQ=255) 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aGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGgcgc > 2:3453051/1‑150 (MQ=255) | CGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCC‑TGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAAC > CP009273/3385553‑3385850 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |