| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,407,008 | 0 | G | A | 27.9% | 300.5 / 134.8 | 165 | intergenic (‑184/‑215) | acrS/acrE | acrAB operon transcriptional repressor/cytoplasmic membrane lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/56); new base A (32/14); total (95/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.60e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |