| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,411,136 | G→T | 11.1% | A915A (GCG→GCT) | acrF → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,411,136 | 0 | G | T | 11.1% | 872.9 / 62.4 | 252 | A915A (GCG→GCT) | acrF | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (106/118); new base T (11/17); total (117/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
GCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGAGAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGAT > CP009273/3410988‑3411285 | cTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCTac > 2:2415424/1‑150 (MQ=255) cTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCTac > 2:4180249/1‑150 (MQ=255) cTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGac < 2:1176406/150‑1 (MQ=255) cTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGac > 2:3655290/1‑150 (MQ=255) tATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTCTGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGacac > 1:3096909/1‑150 (MQ=255) tATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCTacac > 2:883151/1‑150 (MQ=255) gggAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCtt < 1:371437/150‑1 (MQ=255) aaaCCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTaa < 1:2344166/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |