Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,467,941 | C→T | 7.8% | intergenic (‑30/+96) | rpsL ← / ← tusB | 30S ribosomal subunit protein S12/mnm(5)‑s(2)U34‑tRNA synthesis 2‑thiolation protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,467,941 | 0 | C | T | 7.8% | 925.0 / 46.1 | 268 | intergenic (‑30/+96) | rpsL/tusB | 30S ribosomal subunit protein S12/mnm(5)‑s(2)U34‑tRNA synthesis 2‑thiolation protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (116/131); new base T (9/12); total (125/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.21e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
GGTAGTATATACACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATGAGGACGCCGAATTTTAGGGCGATGCCGAAAAGGTGTCAAGAAATATACAACGATCCCGCCATCACCAGGCCATCTGGCTGGGGTGCTTAACCGTAAGTCTGACGAAATCAGTAT > CP009273/3467792‑3468089 | ggTAGTATATACACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTc > 2:707080/1‑150 (MQ=255) gtagtaTATACACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCg > 1:1182712/1‑150 (MQ=255) gtagtaTATACACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCg < 1:867230/150‑1 (MQ=255) gtagtaTATACACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCg > 2:3855595/1‑150 (MQ=255) tagtaTATACACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGt < 2:3487355/150‑1 (MQ=255) agtaTATACACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTa < 1:1035881/150‑1 (MQ=255) agtaTATACACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTa < 1:8143/150‑1 (MQ=255) agtaTATACACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTa > 2:191852/1‑150 (MQ=255) agtaTATACACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTa < 1:3231108/150‑1 (MQ=255) aggatagaCACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTa < 1:3353361/147‑1 (MQ=255) gtaTATACACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTaa < 1:2002269/150‑1 (MQ=255) atataCACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAac > 1:2449259/1‑150 (MQ=255) tataCACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAaca < 1:3502436/150‑1 (MQ=255) ataCACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAacac < 1:1535184/150‑1 (MQ=255) ataCACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAacac < 1:1535148/150‑1 (MQ=255) aGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGtaataa > 2:4043697/1‑150 (MQ=255) aGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGtaataa < 1:2559774/150‑1 (MQ=255) aCATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAAc < 2:2737676/150‑1 (MQ=255) 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ccACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTca < 1:3580209/150‑1 (MQ=255) cACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTcac > 1:1306081/1‑150 (MQ=255) cACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTcac < 2:1401002/150‑1 (MQ=255) cGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCATGTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTTCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAATTAGCTCCTGGTTTTTGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTcacac < 2:1898064/150‑1 (MQ=255) gTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTcacaca > 1:2447733/1‑150 (MQ=255) 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tGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATGAGGACGCCGAATTTTAGGGCGATGCCGAAAAGGTGTCAAGAAATATACAACGATCCCGCCATCACCAGGCCATCTGGCTGGGGTGCTTAACCGTAAg < 1:1197415/150‑1 (MQ=255) tGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATGAGGACGCCGAATTTTAGGGCGATGCCGAAAAGGTGTCAAGAAATATACAACGATCCCGCCATCACCAGGCCATCTGGCTGGGGTGCTTAACCGTAAg < 2:2449259/150‑1 (MQ=255) tGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATGAGGACGCCGAATTTTAGGGCGATGCCGAAAAGGTGTCAAGAAATATACAACGATCCCGCCATCACCAGGCCATCTGGCTGGGGTGCTTAACCGTAAg > 2:3834257/1‑150 (MQ=255) ggTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATGAGGACGCCGAATTTTAGGGCGATGCCGAAAAGGTGTCAAGAAATATACAACGATCCCGCCATCACCAGGCCATCTGGCTGGGGTGCTTAACCGTAAGt < 2:174850/150‑1 (MQ=255) ggTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATGAGGACGCCGAATTTTAGGGCGATGCCGAAAAGGTGTCAAGAAATATACAACGATCCCGCCATCACCAGGCCATCTGGCTGGGGTGCTTAACCGTAAGt > 2:2828959/1‑150 (MQ=255) 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cTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATGAGGACGCCGAATTTTAGGGCGATGCCGAAAAGGTGTCAAGAAATATACAACGATCCCGCCATCACCAGGCCATCTGGCTGGGGTGCTTAACCGTAAGTCTGACGAAATCAGt < 2:1055553/150‑1 (MQ=255) tCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATGAGGACGCCGAATTTTAGGGCGATGCCGAAAAGGTGTCAAGAAATATACAACGATCCCGCCATCACCAGGCCATCTGGCTGGGGTGCTTAACCGTAAGTCTGACGAAATCAGtct > 1:2584254/1‑148 (MQ=255) | GGTAGTATATACACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATGAGGACGCCGAATTTTAGGGCGATGCCGAAAAGGTGTCAAGAAATATACAACGATCCCGCCATCACCAGGCCATCTGGCTGGGGTGCTTAACCGTAAGTCTGACGAAATCAGTAT > CP009273/3467792‑3468089 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |