Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,490,359 | C→T | 7.9% | intergenic (+123/‑3) | nirD → / → nirC | nitrite reductase, NAD(P)H‑binding, small subunit/nitrite transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,490,359 | 0 | C | T | 7.9% | 953.4 / 48.2 | 278 | intergenic (+123/‑3) | nirD/nirC | nitrite reductase, NAD(P)H‑binding, small subunit/nitrite transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (142/113); new base T (17/5); total (160/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.05e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
GACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGATTTTCACGCTCGG > CP009273/3490210‑3490507 | gCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAAt < 1:447620/150‑1 (MQ=255) tggtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGtt < 2:3586833/150‑1 (MQ=255) tggtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGtt < 1:1989547/150‑1 (MQ=255) tggtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGAGAATCACATGtt > 2:2994857/1‑150 (MQ=255) ggggCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATTAAATGttt < 1:2389770/147‑1 (MQ=255) tgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATTAAATGTTTAc > 2:4206208/1‑150 (MQ=255) gCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACa < 2:1526429/150‑1 (MQ=255) cAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAg < 1:2645838/150‑1 (MQ=255) cTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGaca > 2:4231676/1‑150 (MQ=255) tGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTCTATTGCAGGACCTTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGacac > 2:2424779/1‑150 (MQ=255) tGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGacac < 2:2131200/150‑1 (MQ=255) tGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGacac < 1:4025730/150‑1 (MQ=255) gcgcGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACt < 1:2774510/150‑1 (MQ=255) ttAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATtaat < 1:3116944/150‑1 (MQ=255) aaTGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATtaataa > 1:3801871/1‑150 (MQ=255) aTGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAg < 1:4140475/150‑1 (MQ=255) ttAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGc < 1:507326/150‑1 (MQ=255) gggAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTa > 1:1857862/1‑150 (MQ=255) ggAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTaa < 2:656089/150‑1 (MQ=255) gcgcAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCt < 1:999649/150‑1 (MQ=255) gcgcAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCt < 2:590135/150‑1 (MQ=255) aaTGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTgcgc > 2:1206705/1‑150 (MQ=255) tGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATGAATAAGTGTGCGGCTAACGCTgcgcgc > 1:71242/1‑150 (MQ=255) ccccTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCTGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGc < 1:1088355/150‑1 (MQ=255) cccTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCa > 2:1548041/1‑150 (MQ=255) cTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTATAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACg > 2:3128890/1‑150 (MQ=255) cTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACg < 1:471304/150‑1 (MQ=255) cTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACg < 1:229395/150‑1 (MQ=255) cTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTGTGTTTTATTTGTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACg > 1:4176595/1‑150 (MQ=255) tCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGGTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCaaa > 2:1749160/1‑150 (MQ=255) ccTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAAt < 1:3169426/150‑1 (MQ=255) ccTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAAt < 1:3743475/150‑1 (MQ=255) cTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATa < 2:526469/150‑1 (MQ=255) gTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAAc > 1:208782/1‑150 (MQ=255) gTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAAc > 1:3449061/1‑150 (MQ=255) gTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAAc > 1:3593775/1‑150 (MQ=255) taataaTCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACGTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAAcc > 2:3501416/1‑150 (MQ=255) aataatCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAAccc > 1:3130719/1‑150 (MQ=255) taatCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGc > 1:115347/1‑150 (MQ=255) tCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCg < 2:1958067/150‑1 (MQ=255) ggTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCttt > 2:3745842/1‑150 (MQ=255) gTATATTGCAGGACATTTTTTACACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATCAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCtttt < 2:2723239/150‑1 (MQ=255) gTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCtttt < 2:3710477/150‑1 (MQ=255) gTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCtttt < 2:551709/150‑1 (MQ=255) tataTTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTg < 1:1494432/150‑1 (MQ=255) tatTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTggg > 1:298623/1‑150 (MQ=255) tatTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTggg > 2:4341671/1‑150 (MQ=255) tGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCa < 1:1884736/150‑1 (MQ=255) tGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCa < 1:1659815/150‑1 (MQ=255) gACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGTGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTcc > 2:3550816/1‑150 (MQ=255) aTTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGcc > 1:2068793/1‑150 (MQ=255) ttttttAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCa < 2:3644247/150‑1 (MQ=255) ttttttAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCa < 2:1232980/150‑1 (MQ=255) ttttttAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCa < 2:3644092/150‑1 (MQ=255) ttttAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATg > 2:1808988/1‑150 (MQ=255) tttAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATgg > 1:1947557/1‑150 (MQ=255) tttAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATgg < 2:3959209/150‑1 (MQ=255) tttAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTATTGGGTCAGCTCCGCCATgg > 2:913400/1‑150 (MQ=255) ttAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATggc < 2:583551/150‑1 (MQ=255) tAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATggcg < 2:3284782/150‑1 (MQ=255) aaaCTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATTAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATggcgg > 1:3077259/1‑150 (MQ=255) tttGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATTAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGt > 2:1361249/1‑150 (MQ=255) tttGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGt > 1:2470810/1‑150 (MQ=255) ttGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAAACCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGAGGGCGCGTa > 2:4026960/1‑150 (MQ=255) tGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATTAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTAt < 1:3279039/150‑1 (MQ=255) tGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTAt > 2:4145204/1‑150 (MQ=255) tttATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTAtgtg > 1:1011136/1‑150 (MQ=255) ttATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTgg > 2:257420/1‑150 (MQ=255) tATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTggg > 2:786174/1‑150 (MQ=255) aTTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATTAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTggga > 2:3010060/1‑149 (MQ=255) tttttGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCt > 1:2889637/1‑150 (MQ=255) tttttGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCt < 2:2555655/150‑1 (MQ=255) tttttGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACGATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCt < 2:3405886/150‑1 (MQ=255) ttttGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCtt < 1:1075475/150‑1 (MQ=255) ttttGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCtt > 2:3897044/1‑150 (MQ=255) tGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTggg > 1:3344208/1‑150 (MQ=255) gTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGa > 2:117170/1‑150 (MQ=255) tttttATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGat < 1:1029842/150‑1 (MQ=255) ttttATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGatc > 1:2752494/1‑150 (MQ=255) tttATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGTGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGatca > 1:3623157/1‑150 (MQ=255) ttATTTTTTAAAGGATAATTAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCCTGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGatcat > 2:353756/1‑150 (MQ=255) ttATTTTTTAAAGGATAATTAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGatcat > 2:866306/1‑150 (MQ=255) tATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGatcatc > 1:2739732/1‑150 (MQ=255) aTTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATcc > 1:1922970/1‑150 (MQ=255) ttttttAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCt < 2:2758350/150‑1 (MQ=255) tttttAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTg > 2:2220062/1‑150 (MQ=255) ttttAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGa < 1:1507056/150‑1 (MQ=255) tttAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGAt > 1:3250530/1‑150 (MQ=255) tAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGAttt < 2:2681523/150‑1 (MQ=255) tAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGAttt > 1:3546199/1‑150 (MQ=255) aaGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGATTTTc > 1:1743318/1‑150 (MQ=255) aGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGATTTTCa > 2:2961179/1‑150 (MQ=255) aGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGACAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGATTTTCa < 1:2342104/150‑1 (MQ=255) ggATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGATTTTCAc > 1:4014412/1‑150 (MQ=255) gATAATTAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGATTTTCACg > 1:1276318/1‑150 (MQ=255) gATAATTAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTGTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGATTTTCACg > 2:2103409/1‑150 (MQ=255) gATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGATTTTCACg > 1:1288757/1‑150 (MQ=255) aTAATCAAATGTTTACAGACACTATAAATAAGTGTGCGGCAAACGCTGCGCGAATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGATTTTCACGc > 2:1868886/1‑150 (MQ=255) tAATCAAATGTTTACAGACACAATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCTCGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGTTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGATTTTCACGCt > 2:4359274/1‑150 (MQ=255) tCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGGATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGATTTTCACGCTCgg > 1:2528140/1‑150 (MQ=255) | GACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTACAGACACTATTAATAAGTGTGCGGCTAACGCTGCGCGCATTGCACGCCTGTCGGCAAATAACCCGCTCGGCTTTTGGGTCAGCTCCGCCATGGCGGGCGCGTATGTGGGTCTTGGGATCATCCTGATTTTCACGCTCGG > CP009273/3490210‑3490507 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |