| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,525,215 | A→C | 11.6% | L195R (CTG→CGG) | yhgE ← | DUF4153 family putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,525,215 | 0 | A | C | 11.6% | 518.9 / 26.6 | 232 | L195R (CTG→CGG) | yhgE | DUF4153 family putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (78/119); new base C (30/2); total (108/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.75e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
AAATCGCGCTCAGGCCCGTAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGATAAATAAACCAGTCGGTTGCAAAAAAGAGCGTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTGGCGAGAAAAATCACCAGT > CP009273/3525066‑3525364 | aaaTCGCGCTCAGGCCCGTAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGCTTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCa < 2:2173908/150‑1 (MQ=255) aaTCGCGCTCAGGCCCGTAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGAGTAAAAGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAg > 1:2434075/1‑150 (MQ=255) aTCGCGCTCAGGCCCGTAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAgc < 2:55856/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |