| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,551,503 | T→C | 22.0% | intergenic (‑65/‑124) | rtcB ← / → rtcR | RNA‑splicing ligase/sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,551,503 | 0 | T | C | 22.0% | 509.0 / 155.5 | 236 | intergenic (‑65/‑124) | rtcB/rtcR | RNA‑splicing ligase/sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (93/91); new base C (29/23); total (122/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
GACGCGCATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAGTGGCTTTTGGCTT > CP009273/3551357‑3551652 | gACGCGCATCGGCCGCTACCGGCACGCCTTTGGTCCTCTTTTGTTCCTGTGCATTTTCAGTGGTCAGTTATTCGTTATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAATAag < 2:4149161/150‑1 (MQ=255) gcgcATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAACAagcag < 2:317441/150‑1 (MQ=255) cATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAACAAGCAGCtt > 1:4038135/1‑150 (MQ=255) 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tGCCAGAAAATTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAAc > 1:355256/1‑150 (MQ=255) ccAGAAAATTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAg < 2:3013221/150‑1 (MQ=255) ccAGAAAATTAAACAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAg < 2:3593303/150‑1 (MQ=255) aGAAAATTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAGtg > 2:617347/1‑150 (MQ=255) aaaaTTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAGtggc > 1:274190/1‑150 (MQ=255) 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aaTAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAGtggcttttggc < 2:2767325/150‑1 (MQ=255) tAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAGtggcttttggctt < 1:2197901/150‑1 (MQ=255) | GACGCGCATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAGTGGCTTTTGGCTT > CP009273/3551357‑3551652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |