| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,643,207 | C→A | 7.7% | L305I (CTT→ATT) | arsB → | arsenite/antimonite transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,643,207 | 0 | C | A | 7.7% | 1171.9 / 47.0 | 318 | L305I (CTT→ATT) | arsB | arsenite/antimonite transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (162/131); new base A (16/9); total (178/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
GCGCGCTGATATTATTTGTCGTCGCTAAACGCGGTCATGCGATTAATACGGGTAAAGTCCTGCGCGGTGCCCCCTGGCAGATTGTCATCTTCTCGCTCGGCATGTATCTGGTGGTTTATGGCCTGCGCAATGCCGGATTAACGGAATATCTTTCTGGCGTACTCAACGTGCTGGCGGATAACGGCCTGTGGGCCGCGACGCTCGGCACCGGATTCCTCACCGCCTTCCTCTCTTCTATTATGAACAATATGCCGACGGTACTGGTTGGCGCGTTGTCCATTGATGGCAGCACGGCATCT > CP009273/3643058‑3643356 | gcgcgcTGATATTATTTGTCGTCGCTAAACGCGGTCATGCGATTAATACGGGTAAAGTCCTGCGCGGTGCCCCCTGGCAGATTGTCATCTTCTCGCTCGGCATGTATCTGGTGGTTTATGGCCTGCGCAATGCCGGATTAACGGAATATc < 1:853899/150‑1 (MQ=255) cgcgcTGATATTATTTGTCGTCGCTAAACGCGGTCATGCGATTAATACGGGTAAAGTCCTGCGCGGTGCCCCCTGGCAGATTGTCATCTTCTCGCTCGGCATGTATCTGGTGGTTTATGGCCTGCGCAATGCCGGATTAACGGAATATCt < 1:4344694/150‑1 (MQ=255) cgcTGATATTATTTGTCGTCGCTAAACGCGGTCATGCGATTAATACGGGTAAAGTCCTGCGCGGTGCCCCCTGGCAGATTGTCATCTTCTCGCTCGGCATGTATCTGGTGGTTTATGGCCTGCGCAATGCCGGATTAACGGAATATCttt < 2:2149288/150‑1 (MQ=255) cTGATATTATTTGTCGTCGCTAAACGCGGTCATGCGATTAATACGGGTAAAGTCCTGCGCGGTGCCCCCTGGCAGATTGTCATCTTCTCGCTCGGCATGTATCTGGTGGTTTATGGCCTGCGCAATGCCGGATTAACGGAATATCTTTCt > 1:1723943/1‑150 (MQ=255) tGATATTATTTGTCGTCGCTAAACGCGGTCATGCGATTAATACGGGTAAAGTCCTGCGCGGTGCCCCCTGGCAGATTGTCATCTTCTCGCTCGGCATGTATCTGGTGGTTTATGGCCTGCGCAATGCCGGATTAACGGAATATCTTTCTg < 2:163705/150‑1 (MQ=255) tGATATTATTTGTCGTCGCTAAACGCGGTCATGCGATTAATACGGGTAAAGTCCTGCGCGGTGCCCCCTGGCAGATTGTCATCTTCTCGCTCGGCATGTATCTGGTGGTTTATGGCCTGCGCAATGCCGGATTAACGGAATATCTTTCTg < 2:358927/150‑1 (MQ=255) tGATATTATTTGTCGTCGCTAAACGCGGTCATGCGATTAATACGGGTAAAGTCCTGCGCGGTGCCCCCTGGCAGATTGTCATCTTCTCGCTCGGCATGTATCTGGTGGTTTATGGCCTGCGCAATGCCGGATTAACGGAATATCTTTCTg < 2:3965705/150‑1 (MQ=255) tattatTTGTCGTCGCTAAACGCGGTCATGCGATTAATACGGGTAAAGTCCTGCGCGGTGCCCCCTGGCAGATTGTCATCTTCTCGCTCGGCATGTATCTCGTGGTTTATGGCCTGCGCAATGCCGGATTAACGGAATATATTTCTGGCg > 1:1006649/1‑150 (MQ=255) attattTGTCGTCGCTAAACGCGGTCATGCGATTAATACGGGTAAAGTCCTGCGCGGTGACCCCTGGCAGATTGTCATCTTCTCGCTCGGCATGTATCTGGTGGTTTATGGCCTGCGCAATGCCGGATTAACGGAATATCTTTCTGGCGt > 1:1126451/1‑150 (MQ=255) ttGTCGTCGCTAAACGCGGTCATGCGATTAATACGGGTAAAGTCCTGCGCGGTGCCCCCTGGCAGATTGTCATCTTCTCGCTCGGCATGTATCTGGTGGTTTATGGCCTGCGCAATGCCGGATTAACGGAATCTCTTTCTGGCGTACTCa > 2:4134509/1‑150 (MQ=255) ttGTCGTCGCTAAACGCGGTCATGCGATTAATACGGGTAAAGTCCTGCGCGGTGCCCCCTGGCAGATTGTCATCTTCTCGCTCGGCATGTATCTGGTGGTTTATGGCCTGCGCAATGCCGGATTAACGGAATATCTTTCTGGCGTACTCa < 1:2665766/150‑1 (MQ=255) gtcgtcGCTAAACGCGGTCATGCGATTAATACGGGTAAAGTCCTGCGCGGTGCCCCCTGGCAGATTGTCATCTTCTCGCTCGGCATGTATCTGGTGGTTTATGGCCTGCGCAATGCCGGATTAACGGAATATCTTTCTGGCGTACTCAAc < 2:1720156/150‑1 (MQ=255) gtcgtcGCTAAACGCGGTCATGCGATTAATACGGGTAAAGTCCTGCGCGGTGCCCCCTGGCAGATTGTCATCTTCTCGCTCGGCATGTATCTGGTGGTTTATGGCCTGCGCAATGCCGGATTAACGGAATATCTTTCTGGCGTACTCAAc < 1:2453855/150‑1 (MQ=255) 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ggATTAACGGAATATCTTTCTGGCGTACTCAACGTGCTGGCGGATAACGGCCTGTGGGCCGCGACGCTCGGCACCGGATTCCTCACCGCCTTCCTCTCTTCTATTATGAACAATATGCCGACGGTACTGGTTGGCGCGTTGTCCATTGAt > 2:3651424/1‑150 (MQ=255) ttAACGGAATATCTTTCTGGCATACTCAACGTGCTGGCGGATAACGGCCTGTGGGCCGCGACGCTCGGCACCGGATTCCTCACCGCCTTCCTCTCTTCTATTATGAACAATATGCCGACGGTACTGGTTGGCGCGTTGTCCATTGATGgc < 1:3152428/150‑1 (MQ=255) tAACGGAATATCTTTCTGGCGTACTCAACGTGCTGGCGGATAACGGCCTGTGGGCCGCGACGCTCGGCACCGGATTCCTCACCGCCTTCCTCTCTTCTATTATGAACAATATGCCGACGGTACTGGTTGGCGCGTTGTCCATTGATGgca > 1:4272546/1‑150 (MQ=255) tAACGGAATATCTTTCTGGCGTACTCAACGTGCTGGCGGATAACGGCCTGTGGGCCGCGACGCTCGGCACCGGATTCCTCACCGCCTTCCTCTCTTCTATTATGAACAATATGCCGACGGTACTGGTTGGCGCGTTGTCCATTGATGgca < 1:1891981/150‑1 (MQ=255) tAACGGAATATCTTTCTGGCGTACTCAACGTGCTGGCGGATAACGGCCTGTGGGCCGCGACGCTCGGCACCGGATTCCTCACCGCCTTCCTCTCTTCTATTATGAACAATATGCCGACGGTACTGGTTGGCGCGTTGTCCATTGATGgca > 2:1354677/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |