| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,656,367 | C→A | 12.8% | A865E (GCG→GAG) | mdtF → | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,656,367 | 0 | C | A | 12.8% | 841.3 / 73.5 | 270 | A865E (GCG→GAG) | mdtF | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (107/126); new base A (14/22); total (122/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
ACGCTACAACGGCATCCCGTCAATGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACC > CP009273/3656218‑3656515 | aCGCTACAACGGCATCCCGTCAATGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGc < 1:3611812/150‑1 (MQ=255) gCTACAACGGCATCCCGTCAATGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGt > 2:351570/1‑150 (MQ=255) gCTACAACGGCATCCCGTCAATGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATAAGGAAGCGt > 2:1121258/1‑150 (MQ=255) 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tCCCGTCAATGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGAGTTATCCTCAAATc < 1:2048387/150‑1 (MQ=255) cccGTCAATGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCa < 1:3934170/150‑1 (MQ=255) cGTCAATGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAgg < 1:3269223/150‑1 (MQ=255) gTCAATGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTACGGCAGGCGGCGGCTACTCATGGACCCGACTATCGTATAAGGAAGCGGTATCCACAAATAAGGc > 1:3442195/1‑150 (MQ=255) gTCAATGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACATCCGGCAGGCGTCGGCTACGCAAGGACCGGACTATAGTATCAGGAAGCGTTATACTCAAATCAGGc > 1:1246573/1‑150 (MQ=255) 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gagaTTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCGACACATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCACAAATAAGGCTCCAgcg > 1:2896570/1‑150 (MQ=255) agaTTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCAAGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCACGCTCCTgcgc > 2:2747547/1‑150 (MQ=255) ttAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTAt < 1:1110496/150‑1 (MQ=255) tAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGAGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATg < 2:374685/150‑1 (MQ=255) tGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGAt > 2:2500642/1‑150 (MQ=255) 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tATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGgcg > 1:742926/1‑150 (MQ=255) aTCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGgcgc > 1:165888/1‑150 (MQ=255) cGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTCTGCGCTTTCACTGGTCGTGGGGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGCGAGCTGGTCACGTCCGTGCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGGTAGGCGTCGTTGGCGCAt > 2:2254430/1‑150 (MQ=255) tATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTa > 1:3533995/1‑150 (MQ=255) tATCAGGAAGAGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTa < 1:4156039/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |